genoset

DOI:10.18129 / B9.bioc.genoset

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见genoset．

拷贝数分析方法的范围总结实验

Bioconductor版本:3.11

GenoSet提供了一个扩展的rangedsummarizeexperiment类与额外的API特性。这个类提供了方便和快速的方法来处理分段基因组数据。此外，GenoSet提供了RleDataFrame类，用于存储多个样本沿基因组运行的数据，并提供非常快速的任意行集(基因组区域)的摘要。

作者:Peter M. Haverty

维护者:Peter M. Haverty < phverty at gene.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("genoset")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“genoset”)

超文本标记语言	R脚本	genoset
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation，DataRepresentation，基础设施，微阵列，单核苷酸多态性，软件
版本	1.44.0
在Bioconductor	BioC 2.8 (R-2.13)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 2.10)，BiocGenerics(> = 0.11.3),GenomicRanges(> = 1.17.19),SummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口	S4Vectors(> = 0.23.18),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),IRanges(>= 2.5.12)，方法，图形
链接
建议	testthat，knitr，BiocStyle，rmarkdown，DNAcopy统计数据,BSgenome，Biostrings
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/phaverty/genoset
全靠我
进口我	methyAnalysis，VegaMC
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	genoset_1.44.0.tar.gz
Windows二进制	genoset_1.44.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	genoset_1.44.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genoset
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/genoset
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/genoset/
软件包下载报告	下载数据