genoset

DOI:10.18129 / B9.bioc.genoset

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见genoset

拷贝数分析方法的范围总结实验

Bioconductor版本:3.11

GenoSet提供了一个扩展的rangedsummarizeexperiment类与额外的API特性。这个类提供了方便和快速的方法来处理分段基因组数据。此外,GenoSet提供了RleDataFrame类,用于存储多个样本沿基因组运行的数据,并提供非常快速的任意行集(基因组区域)的摘要。

作者:Peter M. Haverty

维护者:Peter M. Haverty < phverty at gene.com>

引文(从R内,输入引用(“genoset”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("genoset")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“genoset”)

超文本标记语言 R脚本 genoset
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CopyNumberVariationDataRepresentation基础设施微阵列单核苷酸多态性软件
版本 1.44.0
在Bioconductor BioC 2.8 (R-2.13)(9.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 2.10),BiocGenerics(> = 0.11.3),GenomicRanges(> = 1.17.19),SummarizedExperiment(> = 1.1.6)
进口 S4Vectors(> = 0.23.18),GenomeInfoDb(> = 1.1.3),IRanges(>= 2.5.12),方法,图形
链接
建议 testthatknitrBiocStylermarkdownDNAcopy统计数据,BSgenomeBiostrings
SystemRequirements
增强了 平行
URL https://github.com/phaverty/genoset
全靠我
进口我 methyAnalysisVegaMC
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 genoset_1.44.0.tar.gz
Windows二进制 genoset_1.44.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) genoset_1.44.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genoset
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/genoset
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/genoset/
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