基因组化

doi：10.18129/b9.bioc.genomation

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅基因组化。

基因组数据的摘要，注释和可视化

生物导体版本：3.11

用于基因组间隔的摘要和注释的包装。用户可以在预定义的功能区域（例如启动子，外显子，内含子等）上可视化和量化基因组间隔。基因组间隔表示具有定义的染色体位置的区域，可能与分数相关，例如来自HT-的校准读数SEQ实验，TF结合位点，甲基化评分等。包装可以使用任何表格基因组特征数据，只要它在基因组间隔的位置上具有最小的信息。此外，它可以使用BAM或Bigwig文件作为输入。

作者：Altuna Akalin [AUT，CRE]，Vedran Franke [AUT，CRE]，Katarzyna Wreczycka [aut]，Alexander Gosdschan [CTB]，Liz Ingmmons [CTB]，Bozena Mika-Gospodorz [CTB] [CTB] [CTB]

维护者：gmail.com> aptuna akalin vedran franke ，katarzyna wreczycka >

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“基因组化”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“基因组”）

html	R脚本	基因组化
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，CPGISLAND，，，，测序，，，，软件，，，，可视化
版本	1.20.0
在生物导体中	Bioc 3.1（R-3.2）（5。5年）
执照	艺术2.0
要看	R（> = 3.0.0），网格
进口	生物弦（> = 2.47.6），BSGENOME（> = 1.47.3），Data.Table，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机（> = 1.31.8），基因组签名（> = 1.15.6），S4VECTORS（> = 0.17.25），GGPLOT2，，，，Gridbase，，，，算，，，，iranges（> = 2.13.12），矩阵，方法，并行，plotrix，，，，plyr，，，，readr，，，，RESHAPE2，，，，rsamtools（> = 1.31.2），seqpattern，，，，rtracklayer（> = 1.39.7），运行，，，，RCPP（> = 0.12.14）
链接	RCPP
建议	生物基因，，，，GenomationData，，，，尼特，，，，rcolorbrewer，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	http://bioinformatics.mdc-berlin.de/genomation/
BugReports	https://github.com/bimsbbioinfo/genomation/issues
取决于我
进口我	cexor，，，，FCCAC，，，，RCAS
建议我	甲基库
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	Genomation_1.20.0.tar.gz
Windows二进制	genomation_1.20.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	Genomation_1.20.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/genomation
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/基因组
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/genomation/
软件包下载报告	下载统计