GCAPC

doi:10.18129/b9.bioc.gcapc

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅GCAPC

GC意识到高峰呼叫者

生物导体版本:3.11

在测序读取中考虑了潜在的GC偏置,峰值要求芯片序列数据。首先,使用有效的GC策略估算GC偏置,然后使用一般的线性混合模型估算,然后应用于峰值显着性估计。

作者:Mingxiang Teng和Rafael A. Irizarry

维护者:mingxiang teng

引用(从r内,输入引用(“ GCAPC”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ gcapc”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ GCAPC”)

html R脚本 GCAPC用户指南
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 批处理效应,,,,chipseq,,,,峰值探测,,,,测序,,,,软件
版本 1.12.0
在生物导体中 Bioc 3.5(R-3.4)(3。5年)
执照 GPL-3
要看 R(> = 3.4)
进口 生物基因,,,,GenomeInfodB,,,,S4VECTORS,,,,iranges,,,,生物弦,,,,BSGENOME,,,,基因组机,,,,rsamtools,,,,基因组签名,,,,矩阵,,,,大量的,花键,grdevices,图形,统计,方法
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19,,,,bsgenome.mmusculus.ucsc.mm10
系统要求
增强
URL https://github.com/tengmx/gcapc
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 gcapc_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 gcapc_1.12.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) gcapc_1.12.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gcapc
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/gcapc
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/gcapc/
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