这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅计。
Bioconductor版本:3.11
计是一组基因的方法发表(浓缩或GSEA)或途径分析。计一般适用的微阵列或RNA-Seq数据属性包括独立的样本大小,实验设计,实验平台,和其他类型的异质性,不断达到更高的性能比其他常用方法。计方案,我们提供功能基本计分析,处理和显示结果。我们还建立了管道的例程在一批多个计分析,比较并行分析,并结合分析异构数据从不同的来源/研究。此外,我们提供演示和常用的基因微阵列数据集数据基于KEGG通路和条款。这些特性和数据所以也使用其他方法用于基因集分析。
作者:Weijun罗
维护人员:Weijun罗< luo_weijun yahoo.com >
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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“规”)
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browseVignettes(“规”)
R脚本 | 基因集和数据准备 | |
R脚本 | 普遍适用的基因簇/路径分析 | |
R脚本 | RNA-Seq数据通路和基因片段的分析工作流 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DifferentialExpression,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,微阵列,MultipleComparison,OneChannel,通路,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,TwoChannel |
版本 | 2.38.3 |
Bioconductor自 | BioC 2.7 (r - 2.12)(10年) |
许可证 | GPL (> = 2.0) |
取决于 | R (> = 2.10) |
进口 | 图,KEGGREST,AnnotationDbi,GO.db |
链接 | |
建议 | pathview,gageData,org.Hs.eg.db,hgu133a.db,GSEABase,Rsamtools,GenomicAlignments,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,DESeq,DESeq2,刨边机,limma |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://www.biomedcentral.com/1471-2105/10/161 |
取决于我 | EGSEA |
进口我 | anamiR |
建议我 | FGNet,gageData,pathview,SBGNview |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | gage_2.38.3.tar.gz |
Windows二进制 | gage_2.38.3.zip |
macOS 10.13(高山脉) | gage_2.38.3.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/gage |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/计 |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/gage/ |
包下载报告 | 下载数据 |