gcmapweb.

DOI：10.18129 / b9.bioc.gcmapweb.

此套餐适用于Biocumond的3.11版。该包装已从Biocumon中删除。对于最后一个稳定的最新版本版本，请参阅gcmapweb.。

用于基因集富集分析的Web界面

Bioconductor版本：3.11

GCMAPWeb R包为GCMAP包提供了一个图形用户界面。GCMapWeb使用Rook包，可以在本地计算机上使用，利用R的内部Web服务器，或在专用Rapache Web服务器安装上运行。GCMAPWeb允许用户在包中搜索自己的数据源和指令，以从公共存储库生成参考数据集。该软件包支持三种常见类型的分析，具体地与1.一种或两组查询基因标识符，其成员预期显示在一致方向上的基因表达的变化。例如，上调的基因集可能含有由转录因子激活的基因，由相同因数抑制的下调遗传靶标。2.一组查询基因标识符，其成员预期显示出不同的差异表达式（非定向查询）。例如，特定信号通路的成员，其中一些可以响应于刺激而上调。3.一种查询，具有差异表达分析实验的完整结果。例如，来自先前扰动实验的基因标识符和Z分数。GCMAPWeb接受三种类型的标识符：Entreids，Gene符号和微阵列探测器ID，并且可以配置为与Biocumond支持的任何物种一起使用。 For each query submission, significantly similar reference datasets will be identified and reported in graphical and tabular form.

作者：Thomas Sandmann

维护者：Thomas Sandmann

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.0”）并输入：

if（！qualocmamespace（“biocmanager”，静静= true））install.packages（“biocmanager”）biocmanager ::安装（“gcmapweb”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

要查看系统中安装此包版本的文档，请启动r并输入：

BROWSEVIGNETTES（“GCMAPWEB”）

PDF.	r script.	GCMAPWeb配置
PDF.	r script.	重新创建广泛的连接图v1
PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	不同的亚兴那吉伊那基因表达那GenesetenRichment.那微阵列那软件那转录那可视化
版本	1.27.0
在生物导体中以来	BIOC 2.12（R-3.0）（7.5岁）
执照	艺术-2.0
依靠	BioBase.那GCMAP.（> = 1.3.0），方法，R（> = 3.4），车
进口	酿造那生物根系那注释那annotationdbi.，图形，grdevices，GSEABASE.那HWRITER.，并行，统计，utils，yaml.
链接到
建议	敬服那ArrayExpress.那hgfocus.db.那hgu133a.db.那mgug4104a.db.那org.hs.eg.db.那org.mm.eg.db.那运行
系统要求
加强	bigmemory.那bigmemoryextras.
URL.
取决于我
进口我
建议我
链接给我
建立报告

包档案包

跟随bob 体育网址 在r会话中使用此包的说明。

源包	gcmapweb_1.27.0.tar.gz.
Windows二进制文件
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/gcmapweb.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ gcmapweb
包短网址	https://biocumon.org/packages/gcmapweb/
包裹下载报告	下载统计信息