此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅FlowWorkspace。
生物导体版本:3.11
该软件包旨在促进自动门控方法与FlowJo中完成的手动门控的比较。该软件包允许您将基本的Flowjo工作区导入生物通用器,并使用FlowCore功能从FlowJo复制门控。进行门控层次结构,样本组,补偿和转换,以使输出与FlowJo分析匹配。
作者:格雷格·芬克(Greg Finak),迈克·江(Mike Jiang)
维护者:fhcrc.org>的Greg Finak
引用(从r内,输入引用(“流动空间”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ flowworkspace”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
BrowseVignettes(“ FlowWorkspace”)
html | R脚本 | FlowWorkspace简介:存储和操纵门控流数据的包 |
html | R脚本 | 如何合并Gatingsets |
参考手册 | ||
文本 | 消息 | |
文本 | 安装 | |
文本 | 执照 |
生物浏览 | DataImport,,,,datarepresentation,,,,流程仪,,,,免疫学,,,,预处理,,,,软件 |
版本 | 4.0.6 |
在生物导体中 | Bioc 2.9(R-2.14)(9年) |
执照 | 文件执照 |
要看 | R(> = 3.5.0) |
进口 | 生物酶,,,,生物基因,,,,Cytolib(> = 1.99.26),格子,,,,LatticeExtra,,,,XML,,,,GGPLOT2,,,,图形,图形,grdevices,方法,统计,Stats4,utils,rbgl, 工具,rgraphviz,,,,Data.Table,,,,dplyr,,,,RCPP,,,,Stringr,,,,秤,,,,矩阵,,,,rcppparallel,,,,rprotobuflib,,,,消化,,,,流核(> = 1.99.20),ncdfflow(> = 2.25.4) |
链接 | RCPP,,,,BH(> = 1.62.0-1),rprotobuflib(> = 1.99.4),Cytolib(> = 2.0.1),Rhdf5lib,,,,rcpparmadillo,,,,rcppparallel(> = 4.4.2-1) |
建议 | 测试,,,,FlowWorkspacedata(> = 2.23.2),尼特,,,,ggcyto, 平行,细胞瘤,,,,opencyto |
系统要求 | GNU MAKE,C ++ 11 |
增强 | |
URL | |
取决于我 | ggcyto,,,,高通量库,,,,预选赛 |
进口我 | 细胞瘤,,,,流量密度,,,,流动,,,,FlowStats,,,,免疫空间,,,,opencyto,,,,预选赛 |
建议我 | 催化剂,,,,罗盘,,,,flowclust,,,,流核 |
链接到我 | 细胞瘤 |
构建报告 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | FlowWorkSpace_4.0.6.tar.gz |
Windows二进制 | FlowWorkSpace_4.0.6.zip(32-和64位) |
MacOS 10.13(高山脉) | FlowWorkSpace_4.0.6.tgz |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowworkspace |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:套餐/flowworkspace |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/flowworkspace/ |
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