FlowWorkspace

doi:10.18129/b9.bioc.flowworkspace

此软件包适用于3.11版的生物导体;对于稳定的最新版本,请参阅FlowWorkspace

用于表示和与未经测度的细胞仪数据集和相互作用的基础架构。

生物导体版本:3.11

该软件包旨在促进自动门控方法与FlowJo中完成的手动门控的比较。该软件包允许您将基本的Flowjo工作区导入生物通用器,并使用FlowCore功能从FlowJo复制门控。进行门控层次结构,样本组,补偿和转换,以使输出与FlowJo分析匹配。

作者:格雷格·芬克(Greg Finak),迈克·江(Mike Jiang)

维护者:fhcrc.org>的Greg Finak ,Mike Jiang ,Jake Wagner

引用(从r内,输入引用(“流动空间”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ flowworkspace”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

BrowseVignettes(“ FlowWorkspace”)

html R脚本 FlowWorkspace简介:存储和操纵门控流数据的包
html R脚本 如何合并Gatingsets
PDF 参考手册
文本 消息
文本 安装
文本 执照

细节

生物浏览 DataImport,,,,datarepresentation,,,,流程仪,,,,免疫学,,,,预处理,,,,软件
版本 4.0.6
在生物导体中 Bioc 2.9(R-2.14)(9年)
执照 文件执照
要看 R(> = 3.5.0)
进口 生物酶,,,,生物基因,,,,Cytolib(> = 1.99.26),格子,,,,LatticeExtra,,,,XML,,,,GGPLOT2,,,,图形,图形,grdevices,方法,统计,Stats4,utils,rbgl, 工具,rgraphviz,,,,Data.Table,,,,dplyr,,,,RCPP,,,,Stringr,,,,,,,,矩阵,,,,rcppparallel,,,,rprotobuflib,,,,消化,,,,流核(> = 1.99.20),ncdfflow(> = 2.25.4)
链接 RCPP,,,,BH(> = 1.62.0-1),rprotobuflib(> = 1.99.4),Cytolib(> = 2.0.1),Rhdf5lib,,,,rcpparmadillo,,,,rcppparallel(> = 4.4.2-1)
建议 测试,,,,FlowWorkspacedata(> = 2.23.2),尼特,,,,ggcyto, 平行,细胞瘤,,,,opencyto
系统要求 GNU MAKE,C ++ 11
增强
URL
取决于我 ggcyto,,,,高通量库,,,,预选赛
进口我 细胞瘤,,,,流量密度,,,,流动,,,,FlowStats,,,,免疫空间,,,,opencyto,,,,预选赛
建议我 催化剂,,,,罗盘,,,,flowclust,,,,流核
链接到我 细胞瘤
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 FlowWorkSpace_4.0.6.tar.gz
Windows二进制 FlowWorkSpace_4.0.6.zip(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) FlowWorkSpace_4.0.6.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowworkspace
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:套餐/flowworkspace
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/flowworkspace/
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