flowTime

DOI:10.18129 / B9.bioc.flowTime

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见flowTime．

流式细胞术对生物动力系统的注释和分析

Bioconductor版本:3.11

该程序包用于动态和稳态实验分析，使用BD Accuri C6和SORP细胞仪检测表达荧光报告蛋白的酵母(菌株W303)的基因调节网络功能。然而，其功能在大多数情况下是通用的，可能适用于使用其他流式细胞仪分析其他生物体。这个包中的功能促进了流式细胞术数据与实验元数据的注释，这是传播和一般易用性所必需的。还包括创建、保存和加载门集的函数。在过去，我们通常为每个时间点的每个流程集生成汇总统计信息，然后注释和分析这些汇总统计信息。这种方法失去了大量来自流式细胞术中产生的单个细胞数据的能力，本质上是将这些数据折叠成子集后的批量测量。除了这些汇总函数之外，这个包还包含一些函数，用于利用从每个样本中数千个单个细胞收集的所有数据，促进对稳态或延时数据的注释和分析。

作者:R. Clay Wright [aut, cre]， Nick Bolten [aut]， Edith Pierre-Jerome [aut]

维护人员:R. Clay Wright < Wright。粘土在gmail.com >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("flowTime")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“flowTime”)

超文本标记语言	R脚本	流式细胞术数据的稳态分析
超文本标记语言	R脚本	流式细胞术数据的时间过程分析
PDF		参考手册

细节

biocViews	CellBasedAssays，DataImport，FlowCytometry，ImmunoOncology，软件，TimeCourse，可视化
版本	1.12.0
Bioconductor自	BioC 3.5 (R-3.4)(3.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.4),flowCore，plyr
进口	跑龙套
链接
建议	knitr，rmarkdown，flowViz，ggplot2，BiocGenerics，时刻,统计数据
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	flowTime_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	flowTime_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	flowTime_1.12.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/flowTime
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ flowTime
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/flowTime/
包下载报告	下载数据