Exomepeak2

doi：10.18129/b9.bioc.exomepeak2

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅Exomepeak2。

Merip-seq的偏见可呼叫和量化

生物导体版本：3.11

ExomePeak2在甲基化的RNA免疫沉淀测序数据（Merip-Seq）上提供了偏置偏压定量和峰值检测。Merip-Seq是一种常用的测序技术，可在给定的细胞条件下测量整个转录组的位置和RNA修饰位点的丰度。但是，Merip-Seq中的定量和峰值调用对PCR扩增偏置敏感，这在下一代测序（NGS）技术中很普遍。此外，基于RNA-seq的计数数据显示出小读数计数中的生物学变异。ExomePeak2通过引入一套为Merip-Seq量身定制的丰富可靠数据科学模型来共同解决这些挑战。使用ExomePeak2，用户可以使用直接的一步函数执行峰值呼叫，修改站点量化和差分分析。另外，用户可以通过多步函数和诊断图定义个性化方法，以供自己分析。

作者：Zhen Wei

维护者：zhen wei

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ exomeOmePeak2”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ ExomePeak2”）

html	R脚本	ExomePeak2用户指南
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	覆盖范围，，，，差异性，，，，Exomeseq，，，，免疫学，，，，甲基，，，，正常化，，，，预处理，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件
版本	1.0.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（0.5岁）
执照	GPL（> = 2）
要看	总结性特征，，，，CQN
进口	rsamtools，，，，基因组签名，，，，基因组机，，，，GenomicFeatures，，，，deseq2，，，，GGPLOT2，，，，mclust，，，，GeneFilter，，，，生物弦，，，，BSGENOME，，，，生物比较，，，，iranges，，，，S4VECTORS，，，，RESHAPE2，，，，rtracklayer，，，，apeglm，，，，rmariaDB，方法，统计，utils，生物酶，，，，GenomeInfodB
链接
建议	尼特，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL
BugReports	https://github.com/zw-xjtlu/exomepeak2/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	exomepeak2_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	exomepeak2_1.0.0.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	exomepeak2_1.0.0.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomepeak2
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/exomepeak2
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/exomepeak2/
软件包下载报告	下载统计