外观复制
doi：10.18129/b9.bioc.exomecopy
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅外观复制。
从外显子测序读取深度的拷贝数变体检测
生物导体版本：3.11
从外显子组测序样品（包括未配对样品）中检测拷贝数变体（CNV）。该软件包实现了隐藏的马尔可夫模型，该模型使用位置协变量（例如背景读取深度和GC包含），以同时将样本正常化并分段到恒定副本计数的区域中。
作者：迈克尔·洛夫
维护者：迈克尔·洛夫（Michael Love）
引用（从r内，输入引用（“外观”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ exomecopy”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Exomecopy”）
| R脚本 | 外显子测序数据中的复制号变体检测 | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | 库务，，，，遗传学，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.34.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 2.9（R-2.14）（9年） |
| 执照 | GPL（> = 2） |
| 要看 | iranges（> = 2.5.27），基因组机（> = 1.23.16），rsamtools |
| 进口 | Stats4，方法，GenomeInfodB |
| 链接 | |
| 建议 | 生物弦 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | CN. -ops，，，，cnvpanelizer，，，，contibait，，，，稀有，，，，somaticccanceralterations |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | exomecopy_1.34.0.tar.gz |
| Windows二进制 | exomecopy_1.34.0.zip（32-和64位） |
| MacOS 10.13（高山脉） | exomecopy_1.34.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/exomecopy |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：包装/exomecopy |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/exomecopy/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
