enrichTF

DOI:10.18129 / B9.bioc.enrichTF

此包适用于Bioconductor的3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见enrichTF．

转录因子富集分析

Bioconductor版本:3.11

由于转录因子(TF)通过单独结合或组合的方式在调控转录过程中起着至关重要的作用，因此TF富集分析是从一组实验确定的调控区域中定位候选功能转录因子的一种有效和重要的方法。虽然人们普遍认为，结构相关的TF可能对序列(即基序)有类似的绑定偏好，一个TF可能有多个基序，但TF富集分析比基序富集分析更具挑战性。在这里，我们提出了一个结合motif富集和PECA模型的TF富集分析R包。

作者:郑伟，Zhana Duren, Shining Ma

维护者:Zheng Wei

安装

要安装此包，启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("enrichTF")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

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browseVignettes(“enrichTF”)

超文本标记语言	R脚本	富htf简介
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneTarget，GraphAndNetwork，MotifAnnotation，软件，转录
版本	1.4.0
在Bioconductor公司	BioC 3.9 (R-3.6)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	pipeFrame
进口	BSgenome，rtracklayer，motifmatchr，TFBSTools，R.utils、方法、JASPAR2018，GenomeInfoDb，GenomicRanges，IRanges，BiocGenerics，S4Vectors， utils, parallel, stats，ggpubr，heatmap3，ggplot2，clusterProfiler，rmarkdowngrDevices,magrittr
链接
建议	knitr，testthat，webshot
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/wzthu/enrichTF
BugReports	https://github.com/wzthu/enrichTF/issues
全靠我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用这个包的说明。

源包	enrichTF_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	enrichTF_1.4.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	enrichTF_1.4.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/enrichTF
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/enrichTF
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/enrichTF/
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