eisaR

DOI:10.18129 / B9.bioc.eisaR

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见eisaR．

外显子-内含子分裂分析(EISA)

Bioconductor版本:3.11

外显子-内含子分裂分析(EISA)使用普通RNA-seq数据来测量成熟RNA和pre-mRNA reads在不同实验条件下的变化，以量化基因表达的转录和转录后调控。详情见Gaidatzis et al.， Nat biotechnology 2015。doi: 10.1038 / nbt.3269。eisaR在R中实现了EISA的主要步骤。

作者:Michael Stadler [aut, cre]， Dimos Gaidatzis [aut]， Lukas Burger [aut]， Charlotte Soneson [aut]

维护者:Michael Stadler < Michael。斯塔德勒在fmi.ch>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("eisaR")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“eisaR”)

超文本标记语言	R脚本	使用无对齐方法生成拼接和非拼接丰度估计的参考文件
超文本标记语言	R脚本	利用eisaR进行外显子-内含子分裂分析(EISA)
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FunctionalGenomics，GeneExpression，GeneRegulation，RNASeq，回归，软件，转录，转录组
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	图形、统计、GenomicRanges，GenomicFeatures，S4Vectors，IRanges，AnnotationDbi，limma，刨边机、方法、SummarizedExperiment，BiocGenerics，rtracklayer,跑龙套
链接
建议	knitr，rmarkdown，testthat，BiocStyle，QuasR，Rbowtie，Biostrings，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，ensembldb
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/fmicompbio/eisaR
BugReports	https://github.com/fmicompbio/eisaR/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	eisaR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	eisaR_1.0.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	eisaR_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/eisaR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/eisaR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/eisaR/
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