EEGC
doi：10.18129/b9.bioc.eegc
此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅EEGC。
基因分类（EEGC）的工程评估
生物导体版本：3.11
已经开发了该软件包来评估基于DNA微阵列或RNA测序筛选的高吞吐量基因表达数据，以评估干细胞直接分化干细胞或将体细胞转化为原代细胞的细胞工程过程。该软件包将基因表达曲线作为来自三种样品的输入：（i）分化的体细胞或干细胞（工程过程的输入），（ii）要评估的诱导细胞（工程过程的输出）（iii）目标主细胞（输出的参考）。该软件包对每个成对样品进行比较进行差异基因表达分析，以识别和评估三种样品（输入，输出，参考）之间的转录差异。理想的目标是诱导和主要参考单元显示重叠轮廓，这两者都与原始单元截然不同。
作者：肖亚扬周，瓜芬·孟，克里斯汀·纳迪尼，洪王
维护者：Xiaoyuan Zhou
引用（从r内，输入引用（“ EEGC”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ eegc”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ EEGC”）
| R脚本 | 基因分类（EEGC）的工程评估 | |
| 参考手册 |
细节
| 生物浏览 | 差异性，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，微阵列，，，，rnaseq，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.4（R-3.3）（4年） |
| 执照 | GPL-2 |
| 要看 | R（> = 3.4.0） |
| 进口 | r.utils，，，，GPLOTS，，，，sna，，，，WordCloud，，，，Igraph，，，，pheatmap，，，，EDGER，，，，deseq2，，，，clusterProfiler，，，，S4VECTORS，，，，GGPLOT2，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，林玛，，，，剂量，，，，AnnotationDbi |
| 链接 | |
| 建议 | 尼特 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | EEGC_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | EEGC_1.14.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | EEGC_1.14.0.TGZ |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/eegc |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/eegc |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/eegc/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
