easyRNASeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.easyRNASeq

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见easyRNASeq

RNA-Seq数据计数汇总和归一化

Bioconductor版本:3.11

针对参考基因组计算高通量短读的覆盖范围,并根据感兴趣的特征(例如外显子,基因,转录本)进行汇总。数据可以规范化为“RPKM”或“DESeq”或“edgeR”包。

作者:Nicolas Delhomme, Ismael Padioleau, Bastian Schiffthaler, Niklas Maehler

维护者:Nicolas Delhomme < Nicolas . Delhomme at umu.se>

引文(从R内,输入引用(“easyRNASeq”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“easyRNASeq”)

超文本标记语言 R脚本 geneNetworkR
PDF R脚本 R / Bioconductor用于高通量序列分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews GeneExpression遗传学ImmunoOncology预处理RNASeq软件
版本 2.24.1
在Bioconductor BioC 2.10 (R-2.15)(8.5年)
许可证 艺术- 2.0
取决于
进口 Biobase(> = 2.44.0),BiocFileCache(> = 1.7.10),BiocGenerics(> = 0.30.0),BiocParallel(> = 1.18.1),biomaRt(> = 2.40.5),Biostrings(> = 2.52.0),DESeq(> = 1.36.0),刨边机(> = 3.26.8),GenomeInfoDb(> = 1.20.0),genomeIntervals(> = 1.40.0),GenomicAlignments(> = 1.20.1),GenomicRanges(> = 1.36.1),SummarizedExperiment(>= 1.14.1),图形,IRanges(> = 2.18.3),迷幻药(> = 4.0),locfit,方法,并行,rappdirs(> = 0.3.1),Rsamtools(> = 2.0.3),S4Vectors(> = 0.22.1),ShortRead(>= 1.42.0), utils
链接
建议 BiocStyle(> = 2.12.0),BSgenome(> = 1.52.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.4.0),旋度knitrrmarkdownRUnit(> = 0.4.32)
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我 msgbsR
建议我 SeqGSEA
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 easyRNASeq_2.24.1.tar.gz
Windows二进制 easyRNASeq_2.24.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) easyRNASeq_2.24.1.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/easyRNASeq
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/easyRNASeq/
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