此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见easyRNASeq.
Bioconductor版本:3.11
针对参考基因组计算高通量短读的覆盖范围,并根据感兴趣的特征(例如外显子,基因,转录本)进行汇总。数据可以规范化为“RPKM”或“DESeq”或“edgeR”包。
作者:Nicolas Delhomme, Ismael Padioleau, Bastian Schiffthaler, Niklas Maehler
维护者:Nicolas Delhomme < Nicolas . Delhomme at umu.se>
引文(从R内,输入引用(“easyRNASeq”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“easyRNASeq”)
超文本标记语言 | R脚本 | geneNetworkR |
R脚本 | R / Bioconductor用于高通量序列分析 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,预处理,RNASeq,软件 |
版本 | 2.24.1 |
在Bioconductor | BioC 2.10 (R-2.15)(8.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | |
进口 | Biobase(> = 2.44.0),BiocFileCache(> = 1.7.10),BiocGenerics(> = 0.30.0),BiocParallel(> = 1.18.1),biomaRt(> = 2.40.5),Biostrings(> = 2.52.0),DESeq(> = 1.36.0),刨边机(> = 3.26.8),GenomeInfoDb(> = 1.20.0),genomeIntervals(> = 1.40.0),GenomicAlignments(> = 1.20.1),GenomicRanges(> = 1.36.1),SummarizedExperiment(>= 1.14.1),图形,IRanges(> = 2.18.3),迷幻药(> = 4.0),locfit,方法,并行,rappdirs(> = 0.3.1),Rsamtools(> = 2.0.3),S4Vectors(> = 0.22.1),ShortRead(>= 1.42.0), utils |
链接 | |
建议 | BiocStyle(> = 2.12.0),BSgenome(> = 1.52.0),BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3(> = 1.4.0),旋度,knitr,rmarkdown,RUnit(> = 0.4.32) |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | msgbsR |
建议我 | SeqGSEA |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | easyRNASeq_2.24.1.tar.gz |
Windows二进制 | easyRNASeq_2.24.1.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | easyRNASeq_2.24.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/easyRNASeq |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/easyRNASeq |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/easyRNASeq/ |
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