dmrseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.dmrseq

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见dmrseq．

亚硫酸氢盐全基因组测序中差异甲基化区域的检测和推断

Bioconductor版本:3.11

该软件包实现了一种扫描基因组的方法，从全基因组亚硫酸氢盐测序数据中检测并对差异甲基化区域进行准确推断。该方法基于将检测到的区域与池化空分布进行比较，即使每个总体只有两个样本可用，也可以实现该方法。区域级别的统计数据是通过拟合一个广义最小二乘(GLS)回归模型，该模型具有嵌套的自回归相关误差结构，用于兴趣对转化甲基化比例的影响。

作者:Keegan Korthauer，拉斐尔·伊里扎里[au]， Yuval Benjamini [aut]， Sutirtha Chakraborty [aut]

维护者:Keegan Korthauer < Keegan at stat.ubc.ca>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("dmrseq")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“dmrseq”)

超文本标记语言	R脚本	用dmrseq分析亚硫酸氢盐-seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation，DifferentialMethylation，表观遗传学，FunctionalGenomics，ImmunoOncology，MultipleComparison，回归，测序，软件，WholeGenome
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(2.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5)，bsseq
进口	GenomicRanges，nlme，ggplot2，S4Vectors，RColorBrewer，bumphunter，DelayedMatrixStats(> = 1.1.13),matrixStats，BiocParallel，离群值、方法、locfit，IRanges， grDevices，图形，统计，utils，annotatr，AnnotationHub，rtracklayer，GenomeInfoDb,样条函数
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我	biscuiteer
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	dmrseq_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	dmrseq_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	dmrseq_1.8.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dmrseq
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/dmrseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dmrseq/
软件包下载报告	下载数据