diffcyt

DOI:10.18129 / B9.bioc.diffcyt

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅diffcyt。

通过高分辨率的集群在高维微分发现血细胞计数

Bioconductor版本:3.11

统计方法在高维微分分析发现血细胞计数数据(包括流式细胞仪、血细胞计数质量或CyTOF, oligonucleotide-tagged血细胞计数),基于高分辨率的结合集群和经验贝叶斯主持测试改编自转录组。

作者:卢卡斯·m·韦伯(aut (cre)

维护人员:卢卡斯·m·韦伯在gmail.com < lukas.weber.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“diffcyt”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“diffcyt”)

HTML	R脚本	diffcyt工作流
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays,CellBiology,聚类,FeatureExtraction,FlowCytometry,ImmunoOncology,蛋白质组学,SingleCell,软件
版本	1.8.8
Bioconductor自	BioC 3.7 (r - 3.5)(2.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.4.0)
进口	flowCore,FlowSOM,SummarizedExperiment,S4Vectors,limma,刨边机,lme4,multcomp,dplyr,tidyr,reshape2,magrittr、数据、方法、跑龙套,grDevices图形,ComplexHeatmap,circlize、网格
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat,HDCytoData,催化剂
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/lmweber/diffcyt
BugReports	https://github.com/lmweber/diffcyt/issues
取决于我	cytofWorkflow
进口我
建议我	催化剂,HDCytoData
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	diffcyt_1.8.8.tar.gz
Windows二进制	diffcyt_1.8.8.zip
macOS 10.13(高山脉)	diffcyt_1.8.8.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/diffcyt
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ diffcyt
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/diffcyt/
包下载报告	下载数据