Deepsnv

doi：10.18129/b9.bioc.deepsnv

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅Deepsnv。

在深度测序数据中检测亚克隆SNV。

生物导体版本：3.11

该软件包提供了用于检测超深（> = 100倍覆盖）测序实验中亚克隆突变的定量变体呼叫者。DeepSNV算法用于与同一基因座的控制实验的比较设置，并使用β-二元模型和似然比测试来区分测序误差和亚克隆SNV。Shearwater算法根据Beta -binomial模型计算贝叶斯分类器，用于用于具有多个样本的变体模型，用于精确估计模型参数（例如局部错误率和分散）以及先验知识，例如。从变异数据库（例如宇宙）。

作者：Niko Beerenwinkel [THS]，Raul Alcantara [CTB]，David Jones [CTB]，Inigo Martincorena [CTB]，Moritz Gerstung [AUT，CRE]

维护者：莫里茨·吉斯通

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ deepsnv”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ DeepSNV”）

PDF	R脚本	用于检测深度测序实验中低频变体的R包装
html	R脚本	Shearwater ML
PDF	R脚本	亚克隆变体呼叫带有多个样本的呼叫，并使用剪切水的先验知识
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DataImport，，，，遗传因素，，，，遗传学，，，，SNP，，，，测序，，，，软件
版本	1.34.1
在生物导体中	Bioc 2.10（R-2.15）（8。5年）
执照	GPL-3
要看	R（> = 2.13.0），方法，图形，并行，iranges，，，，基因组机，，，，总结性特征，，，，生物弦，，，，VGAM，，，，变体（> = 1.13.44）
进口	Rhtslib
链接	Rhtslib（> = 1.13.1）
建议	rcolorbrewer，，，，尼特，，，，rmarkDown
系统要求	gnu做
增强
URL	http://github.com/gerstung-lab/deepsnv
取决于我
进口我
建议我	Genomicfiles
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	deepsnv_1.34.1.tar.gz
Windows二进制	deepSNV_1.34.1.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	DeepSNV_1.34.1.TGZ
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/deepsnv
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/deepsnv
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/deepsnv/
软件包下载报告	下载统计