这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅decompTumor2Sig。
Bioconductor版本:3.11
使用二次规划签名改装。,to decompose the mutation catalog from an individual tumor sample into a set of given mutational signatures (either Alexandrov-model signatures or Shiraishi-model signatures), computing weights that reflect the contributions of the signatures to the mutation load of the tumor.
作者:罗萨里奥m . Piro (aut (cre),桑德拉·克鲁格(施)
维护人员:罗萨里奥m . Piro < rmpiro gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“decompTumor2Sig”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“decompTumor2Sig”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“decompTumor2Sig”)
HTML | R脚本 | 简要介绍decompTumor2Sig |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BiologicalQuestion,BiomedicalInformatics,DNASeq,遗传学,GenomicVariation,单核苷酸多态性,测序,软件,SomaticMutation,StatisticalMethod |
版本 | 2.4.1 |
Bioconductor自 | BioC 3.9 (r - 3.6)(1.5年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (> = 3.6),ggplot2 |
进口 | 方法,矩阵,quadprog(> = 1.5 5),GenomicRanges统计数据,GenomicFeatures,Biostrings,BiocGenerics,S4Vectors,plyr跑龙套,图形,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,VariantAnnotation,SummarizedExperiment,ggseqlogo,gridExtra,data.table,GenomeInfoDb |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://rmpiro.net/decompTumor2Sig/https://github.com/rmpiro/decompTumor2Sig |
BugReports | https://github.com/rmpiro/decompTumor2Sig/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | decompTumor2Sig_2.4.1.tar.gz |
Windows二进制 | decompTumor2Sig_2.4.1.zip |
macOS 10.13(高山脉) | decompTumor2Sig_2.4.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/decompTumor2Sig |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ decompTumor2Sig |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/decompTumor2Sig/ |
包下载报告 | 下载数据 |