dearseq

DOI:10.18129 / B9.bioc.dearseq

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅dearseq。

通过一个健壮的微分表达式分析RNA-seq数据方差组件测试

Bioconductor版本:3.11

微分表达式分析RNA-seq数据方差分量通过精密权重分数测试占数据异方差性。执行gene-wise和基因分析,可以处理重复或纵向数据。方法详细:Agniel D & Hejblum BP(2017)方差分量的分数测试时间进程基因设置纵向RNA-seq数据的分析,生物统计学,18 (4):589 - 604。和Gauthier M, Agniel D, Thiebaut R & Hejblum BP (2019)。dearseq:一个方差分量的分数测试RNA-Seq微分分析,有效控制错误发现率,* bioRxiv * 635714。

作者:丹尼斯Agniel (aut),鲍里斯·p·Hejblum (aut (cre),海洋附近(aut)

维护人员:鲍里斯·p·Hejblum <鲍里斯。在u-bordeaux.fr hejblum >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“dearseq”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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HTML	R脚本	dearseqUserguide
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文本		许可证

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,CellBiology,DNASeq,DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,遗传学,ImmunoOncology,KEGG,RNASeq,回归,测序,软件,SystemsBiology,TimeCourse,转录,转录组
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(0.5年)
许可证	GPL-2 |文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	CompQuadForm,ggplot2,KernSmooth,matrixStats、方法、并行pbapply统计数据,statmod
链接
建议	Biobase,BiocManager,BiocSet,刨边机,DESeq2,GEOquery,GSA,knitr,limma,readxl,rmarkdown,S4Vectors,SummarizedExperiment,testthat,covr
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/borishejblum/dearseq/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	dearseq_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	dearseq_1.0.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	dearseq_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/dearseq
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ dearseq
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/dearseq/
包下载报告	下载数据