ddPCRclust

DOI:10.18129 / B9.bioc.ddPCRclust

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ddPCRclust．

ddPCR数据的聚类算法

Bioconductor版本:3.11

ddPCRclust算法可以自动定量多达四个目标的非正交ddPCR反应的cpd。为了确定每个目标的正确液滴数，关键是要识别所有簇，并根据它们的位置正确标记它们。有关可以分析哪些数据以及模板需要如何格式化的更多信息，请查看小插图。

作者:Benedikt G. Brink [aut, cre]， Justin Meskas [ctb]， Ryan R. Brinkman [ctb]

维护者:Benedikt G. Brink

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ddPCRclust")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ddPCRclust”)

PDF	R脚本	生物导体乳胶风格
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，软件，ddPCR
版本	1.8.0
在Bioconductor	BioC 3.7 (R-3.5)(2.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5)
进口	plotrix，线索平行,ggplot2，openxlsx，R.utils，flowCore，flowDensity(> = 1.13.3),SamSPECTRAL，flowPeaks
链接
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/bgbrink/ddPCRclust
BugReports	https://github.com/bgbrink/ddPCRclust/issues
全靠我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ddPCRclust_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	ddPCRclust_1.8.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ddPCRclust_1.8.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ddPCRclust
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ddPCRclust
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ddPCRclust/
软件包下载报告	下载数据