ddCt

DOI:10.18129 / B9.bioc.ddCt

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见ddCt．

实时定量PCR (qRT-PCR)分析的ddCt算法

Bioconductor版本:3.11

Delta-Delta-Ct (ddCt)算法是一种通过定量实时荧光定量PCR (qRT-PCR)实验来确定相关基因表达的近似方法。与其他方法相比，该方法不需要每个引物-目标对的标准曲线，因此减少了工作负荷，但只要放大效率的假设成立，就能返回足够准确的结果。ddCt包实现了一个收集、分析和可视化qRT-PCR结果的管道，例如那些来自TaqMan SDM软件的结果，主要使用ddCt方法。管道可以通过命令行脚本调用，也可以通过由s4 -类、方法和函数组成的API调用。

作者:张季涛，鲁道夫·比佐克，马库斯·鲁斯肖普特

维护者:Jitao David Zhang

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("ddCt")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes (ddCt)

PDF	R脚本	使用ddCt包中的端到端脚本分析RT-PCR数据
PDF	R脚本	如何应用ddCt方法
PDF	R脚本	介绍用于qRT-PCR数据分析的ddCt方法:背景、算法和实例
PDF		参考手册

细节

biocViews	DifferentialExpression，GeneExpression，MicrotitrePlateAssay，软件，qPCR
版本	1.44.0
在Bioconductor	BioC 2.5 (R-2.10)(11年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(>= 2.3.0)，方法
进口	Biobase(> = 1.10.0),RColorBrewer(> = 0.1 3),xtable，晶格，BiocGenerics
链接
建议	RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ddCt_1.44.0.tar.gz
Windows二进制	ddCt_1.44.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ddCt_1.44.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ddCt
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ddCt
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ddCt/
软件包下载报告	下载数据