cytomapper

DOI:10.18129 / B9.bioc.cytomapper

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cytomapper。

高度多路复用的可视化成像在R血细胞计数数据

Bioconductor版本:3.11

高度多路复用成像血细胞计数获得选中的单细胞表达蛋白在时尚。这些测量数据可以跨多个长度尺度可视化。首先,进行像素级强度代表最高分辨率的空间分布特性表达式。第二,分割后,表达式的值或具有元数据(如程控信息)可以在分割细胞可视化领域。这个包包含可视化功能的多路复用家里和具有信息通过多路复用成像血细胞计数。这个包的主要功能允许1。跨多个渠道进行像素级信息的可视化和2。具有信息的显示表达式和/或元数据分割的面具。

作者:Nils鹅岭(aut (cre)尼古拉•Damond (aut)

维护人员:Nils鹅岭<尼尔斯。在引导dqbm.uzh.ch >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cytomapper”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“cytomapper”)

HTML	R脚本	在R的可视化成像血细胞计数数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport,ImmunoOncology,MultipleComparison,归一化,OneChannel,SingleCell,软件,TwoChannel
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(0.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 4.0),EBImage,SingleCellExperiment、方法
进口	S4Vectors,RColorBrewer,冬青跑龙套,SummarizedExperiment、工具、图形光栅grDevices,统计数据
链接
建议	BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/BodenmillerGroup/cytomapper
BugReports	https://github.com/BodenmillerGroup/cytomapper/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cytomapper_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	cytomapper_0.99.5.zip
macOS 10.13(高山脉)	cytomapper_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytomapper
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cytomapper
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cytomapper/
包下载报告	下载数据