ctgGEM

DOI:10.18129 / B9.bioc.ctgGEM

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ctgGEM。

生成树层次结构从基因表达数据可视化

Bioconductor版本:3.11

细胞为基因表达矩阵树发电机(ctgGEM)简化了建筑形态的层次结构从单细胞基因表达数据跨多个现有工具改进的可比性和再现性。它支持从monocle pseudotemporal排序算法和可视化工具,cellTree, TSCAN, sincell,和命运,并提供了一个统一的输出格式与下游数据分析工作流和Cytoscape集成。

作者:马克,嘉莉云煌岩,普Radichev,艾蒂安Gnimpieba,玛丽亚·霍夫曼

维修工:生物医学工程美元< bicbioeng gmail.com >

安装

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如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ctgGEM”)

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文档

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HTML	R脚本	ctgGEM
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文本		新闻

细节

biocViews	聚类,DataImport,DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,MultipleComparison,质量控制,RNASeq,测序,SingleCell,软件,可视化
版本	1.0.3
Bioconductor自	BioC 3.11 (r - 4.0)(0.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	单片眼镜,SummarizedExperiment
进口	Biobase,BiocGenerics、图形、grDevicesggplot2,igraph,矩阵、方法、矩阵跑龙套,sincell,TSCAN,HSMMSingleCell
链接
建议	BiocStyle,biomaRt,irlba,knitr,命运,VGAM
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

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源包	ctgGEM_1.0.3.tar.gz
Windows二进制	ctgGEM_1.0.3.zip
macOS 10.13(高山脉)	ctgGEM_1.0.3.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ctgGEM
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ctgGEM
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ctgGEM/
包下载报告	下载数据