crossmeta

DOI:10.18129 / B9.bioc.crossmeta

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见crossmeta．

微阵列数据的跨平台元分析

Bioconductor版本:3.11

实现Affymentrix、Illumina和Agilent微阵列数据的跨平台和跨物种元分析。这个包可以自动执行一些常见任务，比如下载、规范化和注释原始GEO数据。然后，用户选择对照和处理样本，以便对所有比较进行差异表达/通路分析。在分别分析每个对比后，用户可以为每个对比选择组织来源，并指定应分组用于后续元分析的任何组织来源。最后，可以进行效应量和通路元分析，并对结果进行图形化探讨。

作者:亚历克斯·皮克林

维护者:Alex Pickering

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("crossmeta")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“crossmeta”)

超文本标记语言	R脚本	crossmeta装饰图案
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	注释，BatchEffect，DifferentialExpression，GUI，GeneExpression，微阵列，OneChannel，预处理，软件，TissueMicroarray，转录
版本	1.14.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(4年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.5)
进口	affy(> = 1.52.0),affxparser(> = 1.46.0),AnnotationDbi(> = 1.36.2),Biobase(> = 2.34.0),BiocGenerics(> = 0.20.0),BiocManager(> = 1.30.4),ccmap，DT(> = 0.2),DBI(> = 1.0.0),data.table(> = 1.10.4),doParallel(> = 1.0.10),doRNG(> = 1.6),foreach(> = 3),fdrtool(> = 1.2.15),ggplot2(> = 2.2.1),GEOquery(> = 2.40.0),limma(> = 3.30.13),matrixStats(> = 0.51.0),metaMA(> = 3.1.2),metap(> = 0.8),miniUI(> = 0.1.1),益生元(> = 1.38.0),情节(> = 4.5.6),重塑(> = 0.8.6),读者(> = 1.0.6),RColorBrewer(> = 1.1.2),RCurl(> = 1.95.4.11),RSQLite(> = 2.1.1),rdrop2(> = 0.7.0),stringr(> = 1.2.0),股东价值分析(> = 3.22.0),闪亮的(>= 1.0.0)， stats (>= 3.3.3)，XML(> = 3.98.1.17)
链接
建议	knitr，rmarkdown，lydata，org.Hs.eg.db，testthat，ccdata
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我	ccmap
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	crossmeta_1.14.0.tar.gz
Windows二进制	crossmeta_1.14.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	crossmeta_1.14.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/crossmeta
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/crossmeta
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/crossmeta/
软件包下载报告	下载数据