copynumber

DOI:10.18129 / B9.bioc.copynumber

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅copynumber。

分割单和多轨拷贝数的数据通过惩罚最小二乘回归。

Bioconductor版本:3.11

惩罚最小二乘回归应用于合适的分段常数曲线定位基因组拷贝数数据区域不断的拷贝数。每个样本的程序可用于个人分割,联合分割几个样品和联合细分snp序列的两个数据跟踪。几个绘图函数可用于可视化和数据的分割结果。

作者:Gro流行病学,克努特Liestoel和Ole基督教Lingjaerde。

维护人员:Gro流行病学< gronilse在ifi.uio.no >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“copynumber”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“copynumber”)

PDF	R脚本	copynumber.pdf
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CopyNumberVariation,遗传学,单核苷酸多态性,软件,可视化,aCGH
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 2.10),BiocGenerics
进口	S4Vectors,IRanges,GenomicRanges
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	PureCN
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	copynumber_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	copynumber_1.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	copynumber_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/copynumber
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ copynumber
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/copynumber/
包下载报告	下载数据