contiBAIT

DOI:10.18129 / B9.bioc.contiBAIT

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见contiBAIT。

利用Strand-Seq数据改进早期构建基因组组装

Bioconductor版本:3.11

利用来自基因组被组装的生物体的多个单细胞的链遗传数据，contiBAIT可以将未桥接的contigs聚在一起形成假定的染色体，并在这些染色体中对contigs进行排序。

作者:Kieran O'Neill, Mark Hills, Mike Gottlieb

维护者:Kieran O'Neill

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("contiBAIT")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“contiBAIT”)

PDF	R脚本	flowBi
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	CellBasedAssays，遗传学，GenomeAssembly，ImmunoOncology，质量控制，软件，WholeGenome
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(4.5年)
许可证	BSD_2_clause +文件许可证
取决于	黑洞(> = 1.51.0-3),Rsamtools(> = 1.21)
进口	data.tablegrDevices,线索，集群，gplots，BiocGenerics(> = 0.31.6),S4Vectors，IRanges，GenomicRanges，Rcpp，茶匙，GenomicFiles，gtools，rtracklayer，BiocParallel，DNAcopy，色彩，reshape2，ggplot2、方法、exomeCopy，GenomicAlignments，图
链接	Rcpp，黑洞
建议	BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	contiBAIT_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	contiBAIT_1.16.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	contiBAIT_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/contiBAIT
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/contiBAIT
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/contiBAIT/
软件包下载报告	下载数据