compcodeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.compcodeR

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅compcodeR。

RNAseq数据模拟、微分表达式分析和微分表达式方法的性能比较

Bioconductor版本:3.11

这个包提供了广泛的功能,比较不同方法获得的结果微分表达式RNAseq数据的分析。它还包含函数模拟计算数据和接口为执行微分表达式分析几个包。

作者:夏洛特Soneson (aut (cre)

维护人员:夏洛特Soneson < charlottesoneson gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“compcodeR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“compcodeR”)

HTML	R脚本	compcodeR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,ImmunoOncology,RNASeq,软件
版本	1.24.0
Bioconductor自	BioC 2.14 (r - 3.1)(6.5年)
许可证	GPL (> = 2)
取决于	R (> = 3.0.2),sm
进口	tcltk,knitr(> = 1.2),减价,ROCR,晶格(> = 0.16),gplots,gtools,gdata,caTools、网格KernSmooth,质量,ggplot2,stringr,模式,刨边机,limma,vioplot、方法
链接
建议	BiocStyle,EBSeq,DESeq,DESeq2(> = 1.1.31),baySeq(> = 2.2.0),genefilter,NOISeq,移行细胞癌,NBPSeq(> = 0.3.0),rmarkdown
SystemRequirements
增强了	rpanel,DSS
URL	https://github.com/csoneson/compcodeR
BugReports	https://github.com/csoneson/compcodeR/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	compcodeR_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	compcodeR_1.24.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	compcodeR_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/compcodeR
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ compcodeR
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/compcodeR/
包下载报告	下载数据