此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见警戒线.
Bioconductor版本:3.11
用于分析各种未注释或KEGG/COG注释DNA序列中密码子使用的工具。计算CU偏置的不同度量和基于CU的基因表达性预测因子,并对注释序列进行基因集富集分析。实现了几种CU和富集分析结果的可视化方法。
作者:Anamaria Elek [cre, aut], Maja Kuzman [aut], Kristian Vlahovicek [aut]
维护者:Anamaria Elek
引文(从R内,输入引用(“警戒线”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("coRdon")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“警戒线”)
超文本标记语言 | R脚本 | 警戒线 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | BiomedicalInformatics,GeneExpression,GenePrediction,GeneSetEnrichment,遗传学CellBiology,ImmunoOncology,KEGG,宏基因组,通路,软件,可视化 |
版本 | 1.6.0 |
在Bioconductor | BioC 3.8 (R-3.5)(2年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R (>= 3.5) |
进口 | 方法,统计,效用,Biostrings,Biobase,dplyr,stringr,purrr,ggplot2,data.table |
链接 | |
建议 | BiocStyle,testthat,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/BioinfoHR/coRdon |
BugReports | https://github.com/BioinfoHR/coRdon/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | coRdon_1.6.0.tar.gz |
Windows二进制 | coRdon_1.6.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | coRdon_1.6.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/coRdon |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/coRdon |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/coRdon/ |
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