clustifyr

doi：10.18129/b9.bioc.clustifyr

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅clustifyr。

使用细胞簇的单细胞RNA-seq分类器

生物导体版本：3.11

旨在使用外部参考数据（例如，Bulk RNA-Seq，Scrna-Seq，MicroArray，Gene Lists）从单细胞RNA测序数据中分类细胞的软件包。提供了各种基于相关的方法和基因列表富集方法来协助细胞类型分配。

作者：Rui Fu [Aut，Cre]，Kent Riemondy [AUT]，RNA Bioscience Initiative [FND]，Austin Gillen [CTB]，Chengzhe Tian [CTB]，Jay Hesselberth [CTB]，Yue Hao [CTB]，Michelle Daya [Michelle Daya [CTB]CTB]

维护者：rui fu

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ clustifyr”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ clustifyr”）

html	R脚本	Clustifyr简介
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，微阵列，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件
版本	1.0.0
在生物导体中	Bioc 3.11（R-4.0）（0.5岁）
执照	麻省理工学院 +文件执照
要看	R（> = 3.6）
进口	牛仔图，，，，dplyr，，，，熵，，，，fgsea，，，，GGPLOT2，，，，矩阵，，，，readr，，，，rlang，，，，秤，，，，Stringr，，，，蒂布尔，，，，花花公子，统计，方法，Singlecellexperiment，，，，总结性特征，，，，矩阵，，，，S4VECTORS
链接
建议	复杂的图像，，，，COVR，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试，，，，Ggrepel，，，，生物使用
系统要求
增强
URL	http://github.com/rnabioco/clustifyr#readmehttps://rnabioco.github.io/clustifyr/
BugReports	https://github.com/rnabioco/clustifyr/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	clustifyr_1.0.0.0.tar.gz
Windows二进制	clustifyr_1.0.0.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	clustifyr_1.0.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clustifyr
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/clustifyr
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/clustifyr/
软件包下载报告	下载统计