clustComp

DOI:10.18129 / B9.bioc.clustComp

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见clustComp．

聚类比较包

Bioconductor版本:3.11

clustComp是一个包，它实现了几种技术，用于比较和可视化不同聚类结果之间的关系，无论是平面的还是平面的，还是分层的还是平面的。这些簇之间的关系使用加权双图来显示，其中节点代表簇，边连接具有非空交集的节点对;每条边的权重是该交集中的元素数量，并通过边缘厚度显示。双图的最佳布局是由重心算法提供的，它使加权交叉数最小化。在比较分层和非分层聚类的情况下，树状图在不同的高度被修剪，通过深度优先搜索从根开始探索树来选择。分支是根据评分函数的值来划分的，评分函数可以基于双图的美观性，也可以基于层次聚类和平面聚类之间的相互信息。每一边的簇组之间的映射是用贪婪算法构造的，并且可以额外可视化。

作者:Aurora Torrente和Alvis Brazma。

维护者:极光Torrente <极光在ebi.ac.uk>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("clustComp")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“clustComp”)

PDF	R脚本	clustComp包
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类，GeneExpression，软件，可视化
版本	1.16.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(4.5年)
许可证	GPL (>= 2)
取决于	R (>= 3.3)
进口	sm，统计，图形，grDevices
链接
建议	Biobase，colonCA，RUnit，BiocGenerics
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	clustComp_1.16.0.tar.gz
Windows二进制	clustComp_1.16.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	clustComp_1.16.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/clustComp
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/clustComp
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/clustComp/
软件包下载报告	下载数据