circRNAprofiler

DOI:10.18129 / B9.bioc.circRNAprofiler

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅circRNAprofiler。

circRNAprofiler: R-Based计算圆形rna的下游分析框架

Bioconductor版本:3.11

R-based计算circRNAs的全面计算机分析的框架。该计算框架允许合并和分析circRNAs之前检测到多个公开的基于注解的circRNA检测工具。它涵盖了circRNAs分析从微分表达式分析的不同方面,进化的保护,生物起源功能分析。

作者:西蒙娜Aufiero

维护人员:西蒙娜Aufiero <极点。在gmail.com aufiero >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“circRNAprofiler”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“circRNAprofiler”)

HTML	R脚本	circRNAprofiler
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释,DifferentialExpression,FunctionalPrediction,GenePrediction,GenomeAssembly,软件,StructuralPrediction
版本	1.2.1 "
Bioconductor自	BioC 3.10 (r - 3.6)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0),gwascat
进口	dplyr,magrittr,readr,rtracklayer,stringr,stringi,DESeq2,刨边机,GenomicRanges,IRanges,seqinr,R.utils,reshape2,ggplot2跑龙套,rlang,S4Vectors统计数据,GenomeInfoDb,universalmotif,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,Biostrings,BSgenome
链接
建议	testthat,knitr,roxygen2,rmarkdowncitr,devtools,gridExtra,ggpubr,维恩图,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/Aufiero/circRNAprofiler
BugReports	https://github.com/Aufiero/circRNAprofiler/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	circRNAprofiler_1.2.1.tar.gz
Windows二进制	circRNAprofiler_1.2.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	circRNAprofiler_1.2.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/circRNAprofiler
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ circRNAprofiler
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/circRNAprofiler/
包下载报告	下载数据