chromVAR

DOI:10.18129 / B9.bioc.chromVAR

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅chromVAR

染色质的变化各地区

Bioconductor版本:3.11

决定染色质的变化可访问性跨组注释或峰值。设计主要是为单细胞或稀疏染色质易访问性数据,如从scATAC-seq或稀疏散装ATAC DNAse-seq实验。

作者:艾丽西娅Schep (aut (cre),杰森Buenrostro[所有]迦勒Lareau[所有],斯坦福大学的威廉•格林利(黑色)(cph)

维护人员:艾丽西娅Schep < aschep gmail.com >

从内部引用(R,回车引用(“chromVAR”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“chromVAR”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“chromVAR”)

HTML R脚本 介绍
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneRegulation,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件
版本 1.10.0
Bioconductor自 BioC 3.6 (r - 3.4)(3年)
许可证 麻省理工学院+文件许可证
取决于 R (> = 3.4)
进口 IRanges,GenomeInfoDb,GenomicRanges,ggplot2,nabor,BiocParallel,BiocGenerics,Biostrings,TFBSTools,Rsamtools,S4Vectors、方法、Rcpp、网格情节,闪亮的,miniUI统计,跑龙套,图形,DT,Rtsne,矩阵,SummarizedExperiment,RColorBrewer,BSgenome
链接 Rcpp,RcppArmadillo
建议 JASPAR2016,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,readr,testthat,knitr,rmarkdown,pheatmap,motifmatchr
SystemRequirements c++ 11
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 chromVAR_1.10.0.tar.gz
Windows二进制 chromVAR_1.10.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) chromVAR_1.10.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/chromVAR
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ chromVAR
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/chromVAR/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网