cellTree

DOI:10.18129 / B9.bioc.cellTree

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cellTree。

推理和可视化的单细胞RNA-seq数据作为一个层次树结构

Bioconductor版本:3.11

这包计算潜在狄利克雷分配(LDA)单细胞RNA-seq数据和模型构建了一个紧凑的树造型单个细胞在时间和空间之间的关系。

作者:大卫duVerle (aut (cre) Koji津田(aut)

维护人员:大卫duVerle <戴夫在cb.k.u-tokyo.ac.jp >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cellTree”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“cellTree”)

PDF	R脚本	推理和单细胞RNA-seq数据的可视化数据的分层树结构
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiomedicalInformatics,CellBiology,聚类,FunctionalGenomics,去,GeneExpression,GeneSetEnrichment,GraphAndNetwork,ImmunoOncology,微阵列,RNASeq,测序,软件,SystemsBiology,TimeCourse,可视化
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.3 (r - 3.3)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.3),topGO
进口	topicmodels,大满贯,maptpx,igraph,xtable,gplots
链接
建议	BiocStyle,knitr,HSMMSingleCell,biomaRt,org.Hs.eg.db,Biobase、工具
SystemRequirements
增强了
URL	http://tsudalab.org
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cellTree_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	cellTree_1.17.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	cellTree_1.18.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cellTree
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cellTree
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cellTree/
包下载报告	下载数据