celda

DOI:10.18129 / B9.bioc.celda

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅celda。

细胞潜在狄利克雷分配

Bioconductor版本:3.11

利用贝叶斯分层模型来分析单细胞基因组数据。

作者:约书亚·坎贝尔(aut (cre),肖恩Corbett (aut) Yusuke四郎(aut),杨代(aut),埃里克·里德(aut)哲王(aut)

维修工:约书亚坎贝尔< bu.edu >营

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“celda”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“celda”)

PDF	R脚本	与celda单细胞基因组数据的分析
PDF	R脚本	估计和消除交叉污染环境与DecontX RNA在单细胞数据
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	贝叶斯,聚类,GeneExpression,测序,SingleCell,软件
版本	1.4.7
Bioconductor自	BioC 3.9 (r - 3.6)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6)
进口	plyr,foreach,ggplot2,RColorBrewer、网格尺度,gtablegrDevices图形,matrixStats,doParallel,消化,gridExtra、方法、reshape2,桅杆,S4Vectors,data.table,Rcpp,RcppEigen,uwot,enrichR,stringi,SummarizedExperiment,MCMCprecision,ggrepel,Rtsne,withr,dendextend,ggdendro,pROC,嘘(> = 1.14.4),食物,SingleCellExperiment,dbscan,DelayedArray,修拉,stringr,矩阵
链接	Rcpp,RcppEigen
建议	testthat,knitr,roxygen2,rmarkdown,biomaRt,covr,BiocManager,BiocStyle,M3DExampleData,TENxPBMCData
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/campbio/celda/issues
取决于我
进口我	singleCellTK
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	celda_1.4.7.tar.gz
Windows二进制	celda_1.4.7.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	celda_1.4.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/celda
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ celda
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/celda/
包下载报告	下载数据