categoryCompare

DOI:10.18129 / B9.bioc.categoryCompare

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见categoryCompare

使用特征注释的高通量实验元分析

Bioconductor版本:3.11

计算两个(或多个)特征(即基因)列表中的每个特征(即基因)中的重要注释(类别),确定注释之间的重叠,并返回关于重要注释的图形和表格数据,以及哪些特征列表组合的注释被发现是显著的。交互式探索可以通过使用RCytoscape(强烈建议使用)来实现。

作者:Robert M. Flight

维护者:Robert M. Flight

引文(从R内,输入引用(“categoryCompare”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("categoryCompare")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“categoryCompare”)

超文本标记语言 R脚本 categoryCompare:使用基因注释的高通量数据元分析
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 注释GeneExpressionMultipleComparison通路软件
版本 1.32.0
在Bioconductor BioC 2.10 (R-2.15)(8.5年)
许可证 GPL-2
取决于 R (>= 2.10),BiobaseBiocGenerics(> = 0.13.8)
进口 AnnotationDbihwriterGSEABase类别(> = 2.33.1),GOstats注释色彩RCy3(>= 1.99.29),方法,grDevices, utils
链接
建议 knitrGO.dbKEGG.db雌激素org.Hs.eg.dbhgu95av2.dblimmaaffygenefilter
SystemRequirements 细胞图(>= 3.6.1)(如果用于结果可视化,强烈建议)
增强了
URL https://github.com/rmflight/categoryCompare
BugReports https://github.com/rmflight/categoryCompare/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 categoryCompare_1.32.0.tar.gz
Windows二进制 categoryCompare_1.32.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) categoryCompare_1.32.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/categoryCompare
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/categoryCompare
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/categoryCompare/
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