cTRAP

DOI:10.18129 / B9.bioc.cTRAP

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅cTRAP。

识别候选人从微分因果扰动基因表达数据

Bioconductor版本:3.11

比较结果与已知的基因差异表达细胞扰动(如基因混战,过度或小分子)的连接图。这种分析不仅可以推断分子会导致观察到的差异基因表达来确定小分子可以开车或恢复特定的转录组变化。

作者:贝尔纳多·德·阿尔梅达(aut)努诺·Saraiva-Agostinho (aut (cre),努诺·l·Barbosa-Morais (aut,)

维护人员:努诺·Saraiva-Agostinho < nunodanielagostinho gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“cTRAP”)

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文档

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browseVignettes (“cTRAP”)

HTML	R脚本	cTRAP:从微分因果扰动识别候选基因表达数据
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细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneSetEnrichment,ImmunoOncology,通路,RNASeq,软件,转录组
版本	1.6.1
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(2年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	biomaRt,cowplot,data.table,dplyr,fgsea,ggplot2,ggrepel、图形、httr,limma、方法、pbapply,R.utils,readxl,reshape2,rhdf5,尺度、统计数据、工具、跑龙套
链接
建议	testthat,knitr,covr,rmarkdown,拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://nuno-agostinho.github.io/cTRAPhttps://github.com/nuno-agostinho/cTRAP
BugReports	https://github.com/nuno-agostinho/cTRAP/issues
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	cTRAP_1.6.1.tar.gz
Windows二进制	cTRAP_1.6.1.zip
macOS 10.13(高山脉)	cTRAP_1.6.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cTRAP
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ cTRAP
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/cTRAP/
包下载报告	下载数据