blima

DOI:10.18129 / B9.bioc.blima

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见blima

用于探测器(珠)水平上Illumina微阵列预处理和分析的工具

Bioconductor版本:3.11

包blima包括几种用于Illumina微阵列数据预处理的算法。重点研究了珠级分析,为不等长向量的分位数归一化提供了新的方法。它提供了多种背景校正方法,包括背景减法、RMA(如卷积)和背景离群值去除。在珠层上实现方差稳定变换。还实现了用于数据汇总的方法。它还提供了在检测器(珠)水平和探针水平上执行t检验的方法,用于差异表达测试。

作者:vojtch Kulvait

维护者:vojtch Kulvait < Kulvait at gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“blima”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" bla ")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“blima”)

PDF R脚本 blima.pdf
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews DifferentialExpressionGeneExpressionGeneRegulation微阵列归一化预处理软件
版本 1.22.0
在Bioconductor bio3.0 (R-3.1)(6年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.3)
进口 beadarray(> = 2.0.0),Biobase(> = 2.0.0),Rcpp(> = 0.12.8),BiocGenerics, grDevices, stats, graphics
链接 Rcpp
建议 xtableblimaTestingDataBiocStyleilluminaHumanv4.db光民knitr
SystemRequirements
增强了
URL https://bitbucket.org/kulvait/blima
全靠我
进口我
建议我 blimaTestingData
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 blima_1.22.0.tar.gz
Windows二进制 blima_1.22.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) blima_1.22.0.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/blima
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ bla
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/blima/
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