biscuiteer

DOI:10.18129 / B9.bioc.biscuiteer

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见biscuiteer．

饼干的方便函数

Bioconductor版本:3.11

用于bsseq加载饼干输出，在定义区域和可映射样本上总结WGBS数据，有或没有imputation，大部分na行下降，年龄估计等的测试套件。

作者:Tim Triche, Jr. [aut, cre]，周万定[aut]， Ben Johnson [aut]， Jacob Morrison [aut]， Lyong Heo [aut]

维护者:“Jacob Morrison”< Jacob。莫里森在vai.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("饼干")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“biscuiteer”)

超文本标记语言	R脚本	饼干用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，DataImport，MethylSeq，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	bio3.10 (R-3.6)(1年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.6)，biscuiteerData，bsseq
进口	readr，qualV，矩阵，嫁祸于，HDF5Array，S4Vectors，Rsamtools，data.table，Biobase，GenomicRanges，BiocGenerics，VariantAnnotation，DelayedMatrixStats，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb，Mus.musculus，Homo.sapiens，matrixStats，rtracklayer，QDNAseq，dmrseq，方法，utils，R.utils，gtools，BiocParallel
链接
建议	DSS，covr，knitr，rlang，scmeth，pkgdown，roxygen2，testthat，QDNAseq.hg19，QDNAseq.mm10
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/trichelab/biscuiteer
BugReports	https://github.com/trichelab/biscuiteer/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	biscuiteer_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	biscuiteer_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	biscuiteer_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biscuiteer
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/饼干
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/biscuiteer/
软件包下载报告	下载数据