此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见biovizBase.
Bioconductor版本:3.11
biovizBase包旨在为基因组数据提供一套实用程序、配色方案和约定。它是生物数据可视化的各种高级包的基础。这节省了开发工作并鼓励一致性。
作者:尹腾飞[aut], Michael Lawrence [aut, ths, cre], Dianne Cook [aut, ths], Johannes Rainer [ctb]
维护者:Michael Lawrence < Lawrence。Michael在gene.com>上报道
引文(从R内,输入引用(“biovizBase”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("biovizBase")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“biovizBase”)
R脚本 | biovizBase简介 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | 基础设施,预处理,软件,可视化 |
版本 | 1.36.0 |
在Bioconductor | BioC 2.9 (R-2.14)(9年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | R(>= 3.5.0),方法 |
进口 | grDevices,统计数据,尺度,Hmisc,RColorBrewer,二色视者,BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.23.19),IRanges(> = 1.99.28),GenomeInfoDb(> = 1.5.14),GenomicRanges(> = 1.23.21),SummarizedExperiment,Biostrings(> = 2.33.11),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),GenomicFeatures(> = 1.21.19),AnnotationDbi,VariantAnnotation(> = 1.11.4),ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationFilter(> = 0.99.8),rlang |
链接 | |
建议 | BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome,rtracklayer,EnsDb.Hsapiens.v75,RUnit |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | 咖啡馆,qrqc |
进口我 | BubbleTree,ChIPexoQual,ggbio,Gviz,karyoploteR,Pviz,qrqc,Rqc |
建议我 | CINdex,derfinderPlot,R3CPET,regionReport,StructuralVariantAnnotation,TxRegInfra |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | biovizBase_1.36.0.tar.gz |
Windows二进制 | biovizBase_1.36.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | biovizBase_1.36.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biovizBase |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biovizBase |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/biovizBase/ |
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