biovizBase

DOI:10.18129 / B9.bioc.biovizBase

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见biovizBase

基因组数据可视化的基本图形实用程序。

Bioconductor版本:3.11

biovizBase包旨在为基因组数据提供一套实用程序、配色方案和约定。它是生物数据可视化的各种高级包的基础。这节省了开发工作并鼓励一致性。

作者:尹腾飞[aut], Michael Lawrence [aut, ths, cre], Dianne Cook [aut, ths], Johannes Rainer [ctb]

维护者:Michael Lawrence < Lawrence。Michael在gene.com>上报道

引文(从R内,输入引用(“biovizBase”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("biovizBase")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“biovizBase”)

PDF R脚本 biovizBase简介
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 基础设施预处理软件可视化
版本 1.36.0
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(9年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 3.5.0),方法
进口 grDevices,统计数据,尺度HmiscRColorBrewer二色视者BiocGenericsS4Vectors(> = 0.23.19),IRanges(> = 1.99.28),GenomeInfoDb(> = 1.5.14),GenomicRanges(> = 1.23.21),SummarizedExperimentBiostrings(> = 2.33.11),Rsamtools(> = 1.17.28),GenomicAlignments(> = 1.1.16),GenomicFeatures(> = 1.21.19),AnnotationDbiVariantAnnotation(> = 1.11.4),ensembldb(> = 1.99.13),AnnotationFilter(> = 0.99.8),rlang
链接
建议 BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneBSgenomertracklayerEnsDb.Hsapiens.v75RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 咖啡馆qrqc
进口我 BubbleTreeChIPexoQualggbioGvizkaryoploteRPvizqrqcRqc
建议我 CINdexderfinderPlotR3CPETregionReportStructuralVariantAnnotationTxRegInfra
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 biovizBase_1.36.0.tar.gz
Windows二进制 biovizBase_1.36.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) biovizBase_1.36.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/biovizBase
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/biovizBase
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/biovizBase/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网