biomaRt
DOI:
10.18129 / B9.bioc.biomaRt
这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅biomaRt。
接口BioMart数据库(例如运用)
Bioconductor版本:3.11
近年来大量的生物数据变得可用的公共数据存储库。容易获得这些宝贵的数据资源和公司集成与数据分析需要综合生物信息学数据分析。biomaRt提供了一个接口的数据库实现biomaRt软件套件(
)。包使检索大量的数据以统一的方式,而不需要了解底层数据库模式或写复杂的SQL查询。BioMart数据库维护的最突出的例子,运用提供BioMart用户直接访问一组不同的数据,使各种强大的在线查询从基因注释数据库挖掘。
作者:史蒂芬Durinck (aut),沃尔夫冈·胡贝尔(aut),肖恩·戴维斯(施),弗朗索瓦Pepin[所有],文斯年代布法罗(施),迈克·史密斯(施,cre)
维护人员:迈克史密斯< grimbough gmail.com >
从内部引用(R,回车引用(“biomaRt”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“biomaRt”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“biomaRt”)
细节
| biocViews |
注释,软件 |
| 版本 |
2.44.4 |
| Bioconductor自 |
BioC 1.6 (r - 2.1)或更早(> 15.5年) |
| 许可证 |
艺术- 2.0 |
| 取决于 |
方法 |
| 进口 |
跑龙套,XML,AnnotationDbi,进步,stringr,httr,openssl,BiocFileCache,rappdirs,xml2 |
| 链接 |
|
| 建议 |
注释,BiocStyle,knitr,rmarkdown,testthat |
| SystemRequirements |
|
| 增强了 |
|
| URL |
|
| 取决于我 |
注释,chromPlot,彗星,customProDB,DrugVsDisease,genefu,GenomicOZone,MineICA,PPInfer,PSICQUIC,RepViz,Roleswitch,寿司,VegaMC |
| 进口我 |
ArrayExpressHTS,artMS,ASpediaFI,BadRegionFinder,BgeeCall,分歧点,BUSpaRse,ChIPpeakAnno,CHRONOS,cobindR,cTRAP,dagLogo,DEXSeq,diffloop,DominoEffect,easyRNASeq,EDASeq,埃尔默,弗雷泽,GDCRNATools,GeneAccord,GenomicFeatures,GenVisR,gespeR,glmSparseNet,GOexpress,goSTAG,gpart软件,Gviz,IdMappingRetrieval,等压线,KEGGprofile,MAGeCKFlute,mCSEA,MEDIPS,MetaboSignal,metaseqR,metaseqR2,methyAnalysis,MGFR,NoRCE,OncoScore,oposSOM,pcaExplorer,PGA,phenoTest,PrecisionTrialDrawer,pRoloc,ProteoMM,psygenet2r,pwOmics,R453Plus1Toolbox,ramwas,收回,rgsepd,RNAither,scPipe,seq2pathway,SeqGSEA,分裂,SWATH2stats,TCGAbiolinks,TCGAWorkflow,TFEA.ChIP,transcriptogramer,trena,ViSEAGO,XCIR,纱 |
| 建议我 |
AnnotationForge,bioassayR,BiocCaseStudies,BloodCancerMultiOmics2017,ccTutorial,celda,cellTree,chromstaR,ClusterJudge,ctgGEM,小伙子,GeneAnswers,Genominator,h5vc,leeBamViews,林肯,马提尼,massiR,MineICA,海市蜃楼,MutationalPatterns,netSmooth,益生元,OrganismDbi,PCAtools,钢琴,Pigengene,后代,PubScore,R3CPET,Rcade,RegParallel,RforProteomics,RIPSeeker,RnBeads,rTANDEM,rTRM,嘘,ShortRead,SIM卡,sincell,SummarizedBenchmark,systemPipeR,trackViewer,wiggleplotr,zinbwave |
| 我的链接 |
|
| 构建报告 |
|
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