Artms

doi：10.18129/b9.bioc.artms

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅Artms。

质谱分析R工具

生物导体版本：3.11

ARTMS提供了一组用于分析蛋白质组学标签数据集的工具。它以最大搜索结果输出（证据.txt文件）为输入，并执行质量控制，使用MSSTATS，下游分析和集成。ARTMS还提供了一组功能来重新格式化并与其他分析工具兼容，包括Saintq，SaintExpress，Phosfate和Photon。检查[http://artms.org]（http://artms.org）以获取详细信息。

作者：David Jimenez-Morales [AUT，CRE]，亚历山大·罗莎·坎波斯[AUT，CTB]，约翰·冯·多伦（John von Dollen）[AUT，CTB]，Danielle Swaney [AUT，CTB]

维护者：David Jimenez-Morales

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ artms”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Artms”）

html	R脚本	学习使用Artms
PDF		参考手册
文本		消息
文本		执照

细节

生物浏览	注解，，，，生物医学信息学，，，，聚类，，，，差异性，，，，基因烯，，，，免疫学，，，，质谱，，，，多重组合，，，，正常化，，，，蛋白质组学，，，，QualityControl，，，，软件，，，，系统生物学
版本	1.6.5
在生物导体中	Bioc 3.8（R-3.5）（2年）
执照	GPL（> = 3） +文件执照
要看	R（> = 3.6.0）
进口	AnnotationDbi，，，，Biomart，，，，位64，，，，循环，，，，簇，，，，复杂的图像，，，，Corrplot，，，，Data.Table，，，，dplyr，，，，事实，，，，Factominer，，，，getopt，，，，ggdendro，，，，GGPLOT2，，，，GPLOTS，，，，Ggrepel，，，，Gprofiler，图形，grdevices，网格，林玛，，，，MSSTATS，，，，OpenXLSX，，，，org.hs.eg.db，，，，org.mm.eg.db，，，，表演，，，，pheatmap，，，，情节，，，，plyr，，，，rcolorbrewer，，，，秤，，，，seqinr，统计Stringr，，，，花花公子，，，，insctr，utils，Venndiagram，，，，Yaml
链接
建议	生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，测试
系统要求
增强
URL	http://artms.org
BugReports	https://github.com/biodavidjm/artms/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	artms_1.6.5.tar.gz
Windows二进制	artms_1.6.5.zip
MacOS 10.13（高山脉）	artms_1.6.5.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/artms
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/artms
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/artms/
软件包下载报告	下载统计