变体滤波器

doi：10.18129/b9

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅变体滤波器。

过滤编码和非编码遗传变体

生物导体版本：3.11

使用不同标准，例如遗传模型，氨基酸变化后果，人群中的次要等位基因频率，剪接部位的强度，保护等等过滤遗传变异。

作者：Robert Castelo [AUT，CRE]，Dei Martinez Elurbe [CTB]，Pau Puigdevall [CTB]，Joan Fernandez [CTB]

维护者：Robert Castelo

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ variantfiltering”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ variantFiltering”）

PDF	R脚本	变体滤波器：滤波器编码和非编码遗传变体
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	注解，，，，遗传学，，，，高通量序列，，，，homo_sapiens，，，，SNP，，，，测序，，，，软件
版本	1.24.0
在生物导体中	Bioc 2.14（R-3.1）（6。5年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.0.0），方法，生物基因（> = 0.25.1），变体（> = 1.13.29）
进口	UTIT，统计，生物酶，，，，S4VECTORS（> = 0.9.25），iranges（> = 2.3.23），rbgl，，，，图形，，，，AnnotationDbi，，，，生物比较，，，，生物弦（> = 2.33.11），GenomeInfodB（> = 1.3.6），基因组机（> = 1.19.13），总结性特征，，，，GenomicFeatures，，，，rsamtools（> = 1.17.8），BSGENOME，，，，GenomicsCores（> = 1.0.0），GVIZ，，，，闪亮的，，，，有光泽的人，，，，Shinyjs，，，，DT，，，，Shinytree
链接	S4VECTORS，，，，iranges，，，，xvector，，，，生物弦
建议	运行，，，，生物使用，，，，org.hs.eg.db，，，，bsgenome.hsapiens.1000genomes.hs37d5，，，，txdb.hsapiens.ucsc.hg19，，，，snplocs.hsapiens.dbsnp144.grch37，，，，mafdb.1kgenomes.phase1.hs37d5，，，，phastcons100way.ucsc.hg19，，，，polyphen.hsapiens.dbsnp131，，，，sift.hsapiens.dbsnp137
系统要求
增强
URL	https://github.com/rcastelo/variantfiltering
BugReports	https://github.com/rcastelo/variantfiltering/issues
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	variantFiltering_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	variantFiltering_1.24.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	variantFiltering_1.24.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variantfiltering
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/variantFiltering
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/variantfiltering/
软件包下载报告	下载统计