VariantAnnotation

DOI:10.18129 / B9.bioc.VariantAnnotation

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见VariantAnnotation

遗传变异的注释

Bioconductor版本:3.11

注释变体,计算氨基酸编码变化,预测编码结果。

作者:Bioconductor Package Maintainer [aut, cre], Valerie Oberchain [aut], Martin Morgan [aut], Michael Lawrence [aut], Stephanie Gogarten [ctb]

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

引文(从R内,输入引用(“VariantAnnotation”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("VariantAnnotation")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“VariantAnnotation”)

PDF R脚本 1.VariantAnnotation介绍
PDF R脚本 2.使用filterVcf从VCF文件中选择变量
PDF 参考手册
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视频 YouTube

细节

biocViews 注释DataImport遗传学单核苷酸多态性测序软件VariantAnnotation
版本 1.34.0
在Bioconductor BioC 2.9 (R-2.14)(9年)
许可证 艺术- 2.0
取决于 R(>= 2.8.0),方法,BiocGenerics(> = 0.15.3),GenomeInfoDb(> = 1.15.2),GenomicRanges(> = 1.37.4),SummarizedExperiment(> = 1.9.9),Rsamtools(> = 1.99.0)
进口 跑龙套,DBIzlibbiocBiobaseS4Vectors(> = 0.17.24),IRanges(> = 2.13.13),XVector(> = 0.19.7),Biostrings(> = 2.47.6),AnnotationDbi(> = 1.27.9),rtracklayer(> = 1.39.7),BSgenome(> = 1.47.3),GenomicFeatures(> = 1.31.3)
链接 S4VectorsIRangesXVectorBiostringsRhtslib
建议 RUnitAnnotationHubBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneSNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109SIFT.Hsapiens.dbSNP132SIFT.Hsapiens.dbSNP137PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131snpStatsggplot2BiocStyle
SystemRequirements GNU使
增强了
URL
全靠我 注释cgdv17CNVrd2deepSNVensemblVEPgenotypeevalHelloRangesHTSeqGenieMTseekermyvariantPolyPhen.Hsapiens.dbSNP131PureCNR453Plus1ToolboxRareVariantVisRariantseqCAT测序SIFT.Hsapiens.dbSNP132SIFT.Hsapiens.dbSNP137签名者SomaticSignaturesStructuralVariantAnnotationVariantFiltering变体VariantToolsVariantToolsData
进口我 AllelicImbalanceAPAlyzerappreci8RBadRegionFinderBBCAnalyzerbiovizBasebiscuiteerCNVfilteRCopyNumberPlotsCOSMIC.67customProDBDAMEfinderdecompTumor2SigDominoEffectfcScanFunciSNPGA4GHclientgenbankrGenomicFilesGenVisRggbioGGtoolsgmapRgQTLstatsgwasurvivriceteaigvRkaryoploteRldblockMADSEQmethyAnalysisMMAPPR2motifbreakRMTseekerDataMutationalPatternsPGAscoreInvHapSigsPackSNPhoodsystemPipeRTitanCNATVTBUniquornVCFArrayXCIRYAPSAyriMulti
建议我 AnnotationHubAshkenazimSonChr21BiocParallelcellbaseRCrispRVariantsGenomicRangesGenomicScoresGeuvadisTranscriptExprgwascatGWASToolsomicsPrintpodkat旅游房车SeqArraytrackViewer三人组vtpnet
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 VariantAnnotation_1.34.0.tar.gz
Windows二进制 VariantAnnotation_1.34.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra) VariantAnnotation_1.34.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/VariantAnnotation
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/VariantAnnotation
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/VariantAnnotation/
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