tcgabiolinks

doi：10.18129/b9.bioc.tcgabiolinks

此软件包适用于3.11版的生物导体；对于稳定的最新版本，请参阅tcgabiolinks。

TCGABIOLINKS：与GDC数据进行集成分析的R/bioconductor软件包

生物导体版本：3.11

TCGABIOLINKS的目的是：i）促进GDC开放访问数据检索，ii）使用适当的预处理策略准备数据，ii）提供了进行不同的标准分析和iv的方法，以轻松复制早期的研究结果。更详细地说，该软件包提供了多种分析方法（例如，差异表达分析，鉴定差异甲基化区域）和可视化方法（例如生存图，火山图，Starburst图），以便轻松地开发完整的分析管道。

作者：Antonio Colaprico，Tiago Chedraoui Silva，Catharina Olsen，Luciano Garofano，Davide Garolini，Claudia Cava，Thais Sabedot，Tathiane Malta，Stefano M. Pagnotta，Isabella Castiglioni，Micherele Ceccarelli，Micherele ceccarellica nyhrusa nyhrushrushruspi，

维护人员：tiago chedraoui silva ，antonio colaprico

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ tcgabiolinks”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Tcgabiolinks”）

html	R脚本	1.简介
html	R脚本	10.分类器
html	R脚本	10. tcgabiolinks_extension
html	R脚本	2.搜索GDC数据库
html	R脚本	3.下载和准备文件以进行分析
html	R脚本	4.临床数据
html	R脚本	5.突变数据
html	R脚本	6. TCGA分子亚型的汇编
html	R脚本	7.分析和可视化TCGA数据
html	R脚本	8.案例研究
html	R脚本	9.图形用户界面（GUI）
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	DNAMETHYLATY，，，，差异性，，，，差甲基化，，，，基因表达，，，，结肠管制，，，，甲基化array，，，，网络，，，，途径，，，，测序，，，，软件，，，，生存
版本	2.16.4
在生物导体中	Bioc 3.2（R-3.2）（5年）
执照	GPL（> = 3）
要看	R（> = 3.5）
进口	下载器（> = 0.4），grdevices，dplyr，图形，蒂布尔，，，，基因组机，，，，XML（> = 3.98.0），Data.Table，，，，jsonlite（> = 1.0.0），plyr，，，，尼特， 方法，Biomart，，，，GGPLOT2，，，，Stringr（> = 1.0.0），iranges，，，，rvest（> = 0.3.0），统计，utils，S4VECTORS，，，，r.utils，，，，总结性特征（> = 1.4.0），readr， 工具，花花公子，，，，purrr，，，，XML2，，，，httr（> = 1.2.1）
链接
建议	jpeg，，，，PNG，，，，生物使用，，，，rmarkDown，，，，DevTools，，，，maftools，，，，帕马森，，，，C3net，，，，模丝，，，，dnet，，，，生物酶，，，，副词，，，，测试，，，，芝麻，，，，PathView，，，，clusterProfiler，，，，复杂的图像，，，，循环，，，，共识ClusterPlus，，，，Igraph，，，，tcgabiolinksgui.data，，，，Suprahex，，，，林玛，，，，EDGER，，，，SVA，，，，EDASEQ，，，，幸存者，，，，GeneFilter，，，，栅格，，，，生存，，，，多帕尔， 平行，Ggrepel（> = 0.6.3），秤， 网格
系统要求
增强
URL	https://github.com/bioinformaticsfmrp/tcgabiolinks
BugReports	https://github.com/bioinformaticsfmrp/tcgabiolinks/issues
取决于我
进口我	埃尔默，，，，Mirlab，，，，MOONLIGHTR，，，，singscoreamlmutations，，，，蜘蛛网，，，，tcgabiolinksgui，，，，tcgaworkflow
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	tcgabiolinks_2.16.4.tar.gz
Windows二进制	tcgabiolinks_2.16.4.4.zip
MacOS 10.13（高山脉）	tcgabiolinks_2.16.4.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tcgabiolinks
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/tcgabiolinks
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/tcgabiolinks/
软件包下载报告	下载统计