SummarizedExperiment

DOI:10.18129 / B9.bioc.SummarizedExperiment

此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本，请参见SummarizedExperiment．

SummarizedExperiment容器

Bioconductor版本:3.11

summarizeexperiment容器包含一个或多个测试，每个测试都由数字或其他模式的类似矩阵的对象表示。行通常表示感兴趣的基因组范围，列表示样本。

作者:马丁·摩根，瓦莱丽·奥本chain，吉姆·赫斯特，Hervé Pagès

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" summarizeexperimental ")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“SummarizedExperiment”)

超文本标记语言	R脚本	1.协调实验测定、样品和感兴趣区域的总结实验
超文本标记语言	R脚本	2.扩展summarizeexperimental类
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.18.2
在Bioconductor	BioC 3.2 (R-3.2)(5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 3.2)，方法，GenomicRanges(> = 1.33.6),Biobase，DelayedArray(> = 0.3.20)
进口	效用，统计，工具，矩阵，BiocGenerics(> = 0.15.3),S4Vectors(> = 0.25.14),IRanges(> = 2.21.6),GenomeInfoDb(> = 1.13.1)
链接
建议	注释，AnnotationDbi，hgu95av2.db，GenomicFeatures，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene，BiocStyle，knitr，rmarkdown，消化，jsonlite，rhdf5，HDF5Array(> = 1.7.5),气道，RUnit，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	AffiXcan，气道，AllelicImbalance，ASpediaFI，BDMMAcorrect，benchmarkfdrData2019，BiocSklearn，BiSeq，bnbc，bodymapRat，bsseq，CAGEfightR，celaref，clusterExperiment，coseq，csaw，CSSQ，ctgGEM，curatedAdipoChIP，curatedAdipoRNA，DaMiRseq，德科，deepSNV，DeMixT，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffcoexp，diffHic，散度，DMCFB，DMCHMM，DMRcate，DREAM4，dsQTL，ENmix，EnrichmentBrowser，epigenomix，evaluomeR，EventPointer，exomePeak2，ExpressionAtlas，裂变，FlowSorted.Blood.EPIC，FlowSorted.CordBloodCombined.450k，弗雷泽，GenoGAM，GenomicAlignments，GenomicFiles，genoset，geuvPack，GRmetrics，GSEABenchmarkeR，HDCytoData，HelloRanges，HighlyReplicatedRNASeq，hipathia，HMP16SData，IgGeneUsage，InTAD，InteractionSet，感兴趣，iSEE，isomiRs，ivygapSE，JunctionSeq，lipidr，LoomExperiment，工商管理硕士，MetaGxBreast，MetaGxOvarian，methrix，methylPipe，microRNAome，minfi，miRmine，MouseGastrulationData，mpra，MultiAssayExperiment，NADfinder，NBAMSeq，先驱者，parathyroidSE，PowerExplorer，profileplyr，重新计票，REMP，restfulSE，restfulSEData，RIPSeeker，ROCpAI，rqt，runibic，sampleClassifierData，Scale4C，scGPS，司康饼，SDAMS，SGSeq，signatureSearch，simulatorZ，SingleCellExperiment，singleCellTK，单，soGGi，猎犬，spqn，spqnData，sRACIPE，ssPATHS，经验丰富的人，SummarizedBenchmark，survtype，TimeSeriesExperiment，TissueEnrich，TNBC。CMS，VanillaICE，VariantAnnotation，VariantExperiment，weitrix，山药，zinbwave
进口我	亚当，适应，ALDEx2，高山，anamiR，微生物，anota2seq，APAlyzer，apeglm，appreci8R，亚瑟士，AUCell，基础知识，后面;，bayNorm，BBCAnalyzer，bigPint，BiocOncoTK，biotmle，biovizBase，biscuiteer，BiSeq，blacksheepr，BloodCancerMultiOmics2017，brgedata，BRGenomics，BUMHMM，BUScorrect，篮球选手，CAMTHC，催化剂，cBioPortalData，ccfindR，celda，CellMixS，CellTrails，CeTF，负责，印度豹，ChIPpeakAnno，chromVAR，CiteFuse，CLLmethylation，clustifyr，cmapR，CNVfilteR，CNVRanger，coexnet，CoGAPS，结合，compartmap，consensusDE，CopyNumberPlots，CoreGx，COSMIC.67，countsimQC，curatedTCGAData，cydar，cytomapper，DAMEfinder，DChIPRep，debCAM，debrowser，DEComplexDisease，decompTumor2Sig，反编排，DEGreport，deltaCaptureC，部，DEScan2，命运，DEWSeq，diffcyt，DiscoRhythm，截然不同的，dittoSeq，DominoEffect，doppelgangR，定量给料器，沙丘，easyRNASeq，eisaR，埃尔默，ensemblVEP，epivizrData，erma，FCBF，fcScan，鱼池，fluentGenomics，FourCSeq，空对空导弹，gCrisprTools，GeneTonic，GenomicDataCommons，GGBase，ggbio，glmGamPoi，glmSparseNet，GNET2，gQTLBase，gQTLstats，gramm4R，GreyListChIP，gscreend，GSVA，gwasurvivr，HMP2Data，HTSeqGenie，HumanTranscriptomeCompendium，iasva，icetea，理想的，IHWpaper，ImpulseDE2，infercnv，检查，InterMineR，iSEEu，iteremoval，花边，LineagePulse，lionessR，M3D，MADSEQ，桅杆，mbkmeans，MBQN，mCSEA，餐，肉，MEB，MetaGxPancreas，MetaNeighbor，metaseqR2，methyAnalysis，MethylAid，methylumi，methyvim，MinimumDistance，miRLAB，miRSM，missMethyl，MLSeq，MoonlightR，motifbreakR，motifmatchr，MPRAnalyze，msgbsR，MTseeker，MultiDataSet，multiOmicsViz，马斯喀特，MutationalPatterns，MWASTools，netSmooth，NoRCE，NormalyzerDE，oligoClasses，omicRexposome，OmicsLonDA，omicsPrint，oncomix，ORFik，OVESEG，PAIRADISE，pcaExplorer，peco，PharmacoGx，phemd，phenopath，pmp，proDA，psichomics，pulsedSilac，PureCN，qsmooth，R453Plus1Toolbox，RaggedExperiment，RareVariantVis，RcisTarget，readat，receptLoss，regionReport，regsplice，rgsepd，Rmmquant，RNAAgeCalc，RNAsense，咆哮，rScudo，RTCGAToolbox，研制，SBGNview，SC3，嘘，scBFA，scDblFinder，scDD，scds，scfind，散粒，scmap，scMerge，scmeth，SCnorm，scoreInvHap，scPipe，食物，scRNAseq，颈背，用水晶球占卜，scTensor，scTGIF，seqCAT，芝麻，SEtools，sigFeature，SigsPack，singscore，SingscoreAMLMutations，激流回旋，弹弓，紧身的，snapcount，SNPhood，SpatialCPie，spatialLIBD，飞溅，srnadiff，结构体，SVAPLSseq，switchde，systemPipeR，TBSignatureProfiler，TCGAbiolinks，TCGAbiolinksGUI，TCGAutils，TCGAWorkflow，TCGAWorkflowData，TCseq，tenXplore，烤面包，ToPASeq，tradeSeq，TreeSummarizedExperiment，时尚的，tscR，TSRchitect，TTMap，TVTB，tximeta，TxRegInfra，VariantFiltering，vidger，xcms，yriMulti，zFPKM
建议我	AnnotationHub，biobroom，biotmleData，CAGEWorkflow，curatedAdipoArray，dcanr，dearseq，DelayedArray，多萝西娅，DuoClustering2018，刨边机，EnMCB，epivizr，epivizrChart，esetVis，GENIE3，GenomicRanges，Glimma，globalSeq，gsean，HDF5Array，interactiveDisplay，methyvimData，MSnbase，pathprint，pathprintGEOData，pathwayPCA，podkat，PubScore，RforProteomics，RiboProfiling，S4Vectors，SBGNview.data，scFeatureFilter，semisup，StructuralVariantAnnotation，TFutils，tidybulk，tissueTreg
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	SummarizedExperiment_1.18.2.tar.gz
Windows二进制	SummarizedExperiment_1.18.2.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	SummarizedExperiment_1.18.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SummarizedExperiment
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ summarizeexperiment
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SummarizedExperiment/
软件包下载报告	下载数据