SplicingGraphs

DOI:10.18129 / B9.bioc.SplicingGraphs

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SplicingGraphs。

创建、操作、可视化拼接图,并分配RNA-seq读取

Bioconductor版本:3.11

这个包允许用户创建、操作和可视化拼接图及其泡沫基于基因模型对于一个给定的有机体。此外它允许用户指定RNA-seq读取一组的边缘拼接图,以不同的方式,并总结他们。

作者:d . Bindreither m·卡尔森·m·摩根,h .页面

维修工:h .页< hpages fredhutch.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SplicingGraphs”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SplicingGraphs”)

PDF	R脚本	拼接图和RNA-seq数据
PDF		参考手册

细节

biocViews	AlternativeSplicing,注释,DataRepresentation,GeneExpression,遗传学,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录,可视化
版本	1.28.0
Bioconductor自	BioC 2.12 (r - 3.0)(7.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	GenomicFeatures(> = 1.17.13),GenomicAlignments(> = 1.1.22),Rgraphviz(> = 2.3.7)
进口	方法,跑龙套,图形,igraph,BiocGenerics,S4Vectors(> = 0.17.5),BiocParallel,IRanges(> = 2.21.2),GenomeInfoDb,GenomicRanges(> = 1.23.21),GenomicFeatures,Rsamtools,GenomicAlignments,图,Rgraphviz
链接
建议	igraph,Gviz,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14,RUnit
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	SplicingGraphs_1.28.0.tar.gz
Windows二进制	SplicingGraphs_1.28.0.zip
macOS 10.13(高山脉)	SplicingGraphs_1.28.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SplicingGraphs
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SplicingGraphs
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/SplicingGraphs/
包下载报告	下载数据