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SeqSQC
DOI:10.18129 / B9.bioc.SeqSQC
这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SeqSQC。
bioconductor包样本与下一代测序数据质量检查
Bioconductor版本:3.11
SeqSQC旨在识别有问题的样品在门店数据,包括与性别不匹配,样品污染,神秘的联系,人口离群值。
作者:钱氏(aut (cre)
维护人员:钱氏< qliu7 buffalo.edu >
从内部引用(R,回车引用(“SeqSQC”)):
安装
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SeqSQC”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
文档
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“SeqSQC”)
| HTML | R脚本 | 样品质量检查与SeqSQC下一代测序数据 |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 新闻 |
细节
| biocViews | 实验数据,基因组,Homo_sapiens_Data,Project1000genomes,测序数据,软件 |
| 版本 | 1.10.0 |
| Bioconductor自 | BioC 3.6 (r - 3.4)(3年) |
| 许可证 | GPL-3 |
| 取决于 | R (> = 3.4),ExperimentHub(> = 1.3.7),SNPRelate(> = 1.10.2) |
| 进口 | e1071,GenomicRanges,gdsfmt,ggplot2,GGally,IRanges、方法、rbokeh,RColorBrewer,reshape2,rmarkdown,S4Vectors统计,跑龙套 |
| 链接 | |
| 建议 | BiocStyle,knitr,testthat |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | https://github.com/Liubuntu/SeqSQC |
| BugReports | https://github.com/Liubuntu/SeqSQC/issues |
| 取决于我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 我的链接 | |
| 构建报告 |
包档案
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
| 源包 | SeqSQC_1.10.0.tar.gz |
| Windows二进制 | SeqSQC_1.10.0.zip |
| macOS 10.13(高山脉) | SeqSQC_1.10.0.tgz |
| 源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqSQC |
| 源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SeqSQC |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SeqSQC/ |
| 包下载报告 | 下载数据 |
