此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见SeqArray.
Bioconductor版本:3.11
数千个个体的大规模全基因组测序变异调用的数据管理:基因型数据(如snv、indes和结构变异调用)和SeqArray GDS文件中的注释以面向数组和压缩的方式存储,使用R编程语言进行高效的数据访问。
作者:郑秀文[aut, cre],斯蒂芬妮·戈加滕[aut],大卫·莱文[ctb],凯西·劳里[ctb]
维护者:郑秀文
引文(从R内,输入引用(“SeqArray”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“SeqArray”)
超文本标记语言 | R脚本 | R集成 |
超文本标记语言 | R脚本 | SeqArray数据格式和访问 |
超文本标记语言 | SeqArray概述 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | DataRepresentation,遗传学,基础设施,测序,软件 |
版本 | 1.28.1 |
在Bioconductor | BioC 2.12 (R-3.0)(7.5年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | R (>= 3.5.0),gdsfmt(> = 1.23.5) |
进口 | 方法、并行IRanges,GenomicRanges,GenomeInfoDb,Biostrings,S4Vectors |
链接 | gdsfmt |
建议 | Biobase,BiocGenerics,BiocParallel,RUnit,Rcpp,SNPRelate,消化,蜡笔,knitr,Rsamtools,VariantAnnotation |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | http://github.com/zhengxwen/SeqArray |
BugReports | http://github.com/zhengxwen/SeqArray/issues |
全靠我 | SAIGEgds,SeqVarTools |
进口我 | GDSArray,《创世纪》,VariantExperiment |
建议我 | DelayedDataFrame,HIBAG,VCFArray |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | SeqArray_1.28.1.tar.gz |
Windows二进制 | SeqArray_1.28.1.zip(32位和64位) |
macOS 10.13 (High Sierra) | SeqArray_1.28.1.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SeqArray |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SeqArray |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SeqArray/ |
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