SamSPECTRAL

DOI:10.18129 / B9.bioc.SamSPECTRAL

这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SamSPECTRAL

识别的细胞群在流式细胞仪的数据。

Bioconductor版本:3.11

大数据样本,谱聚类是可能的,同时保留在边密度信息。更具体地说,鉴于矩阵坐标作为输入,SamSPECTRAL首先构建社区样本数据点。然后,它构建一个图和加权后的边缘电导计算,图形传递给一个经典的谱聚类算法找到光谱集群。SamSPECTRAL的最后阶段是结合光谱集群。由此产生的“连接组件”估计生物细胞数量的数据。查看更多细节的装饰图案如何使用这个包,一些插图,和简单的例子。

作者:Habil Zare和Parisa Shooshtari

维护人员:Habil < zare u.washington.edu >

从内部引用(R,回车引用(“SamSPECTRAL”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SamSPECTRAL”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“SamSPECTRAL”)

PDF R脚本 修改后的谱聚类方法聚类数据流式细胞术
PDF 参考手册

细节

biocViews 癌症,CellBiology,聚类,FlowCytometry,艾滋病毒,ImmunoOncology,软件,干细胞的
版本 1.42.0
Bioconductor自 BioC 2.6 (r - 2.11)(10.5年)
许可证 GPL (> = 2)
取决于 R (> = 3.3.3)
进口 方法
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我 承认,ddPCRclust
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 SamSPECTRAL_1.42.0.tar.gz
Windows二进制 SamSPECTRAL_1.42.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉) SamSPECTRAL_1.42.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SamSPECTRAL
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SamSPECTRAL
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/SamSPECTRAL/
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