这个包是3.11版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅SamSPECTRAL。
Bioconductor版本:3.11
大数据样本,谱聚类是可能的,同时保留在边密度信息。更具体地说,鉴于矩阵坐标作为输入,SamSPECTRAL首先构建社区样本数据点。然后,它构建一个图和加权后的边缘电导计算,图形传递给一个经典的谱聚类算法找到光谱集群。SamSPECTRAL的最后阶段是结合光谱集群。由此产生的“连接组件”估计生物细胞数量的数据。查看更多细节的装饰图案如何使用这个包,一些插图,和简单的例子。
作者:Habil Zare和Parisa Shooshtari
维护人员:Habil < zare u.washington.edu >
从内部引用(R,回车引用(“SamSPECTRAL”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“SamSPECTRAL”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“SamSPECTRAL”)
R脚本 | 修改后的谱聚类方法聚类数据流式细胞术 | |
参考手册 |
biocViews | 癌症,CellBiology,聚类,FlowCytometry,艾滋病毒,ImmunoOncology,软件,干细胞的 |
版本 | 1.42.0 |
Bioconductor自 | BioC 2.6 (r - 2.11)(10.5年) |
许可证 | GPL (> = 2) |
取决于 | R (> = 3.3.3) |
进口 | 方法 |
链接 | |
建议 | |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
取决于我 | |
进口我 | 承认,ddPCRclust |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。
源包 | SamSPECTRAL_1.42.0.tar.gz |
Windows二进制 | SamSPECTRAL_1.42.0.zip(32位和64位) |
macOS 10.13(高山脉) | SamSPECTRAL_1.42.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SamSPECTRAL |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SamSPECTRAL |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SamSPECTRAL/ |
包下载报告 | 下载数据 |