此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见海绵.
Bioconductor版本:3.11
该包提供了有效检测两个基因之间竞争性内源性RNA相互作用的方法。这种相互作用是由一个或几个miRNA介导的,因此需要大量样本的基因和miRNA表达数据作为输入。
作者:Markus List, Azim Dehghani Amirabad, Dennis Kostka, Marcel H. Schulz
维护者:Markus List < Markus . List。在wzw.tum.de>上列出
引文(从R内,输入引用(“海绵”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("SPONGE")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“海绵”)
超文本标记语言 | R脚本 | 装饰图案的标题 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneExpression,GeneRegulation,NetworkInference,回归,软件,SystemsBiology,转录,转录组 |
版本 | 1.10.0 |
在Bioconductor | BioC 3.6 (R-3.4)(3年) |
许可证 | GPL (> = 3) |
取决于 | R (>= 3.4) |
进口 | Biobase统计数据,ppcor,日志记录,foreach,doRNG,data.table,质量,expm,gRbase,glmnet,igraph,迭代器 |
链接 | |
建议 | testthat,knitr,rmarkdown,visNetwork,ggplot2,ggrepel,gridExtra,消化,doParallel,bigmemory |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | SPONGE_1.10.0.tar.gz |
Windows二进制 | SPONGE_1.10.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | SPONGE_1.10.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPONGE |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SPONGE |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SPONGE/ |
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