此包适用于Bioconductor 3.11版本;有关稳定的最新发布版本,请参见分裂.
Bioconductor版本:3.11
提供工具来分析替代剪接位点,根据序列信息解释结果,选择和设计引物进行位点验证,并给出事件的可视化表示,以指导下游实验。
作者:Diana Low [aut, cre]
维护者:Diana Low
引文(从R内,输入引用(“分裂”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("SPLINTER")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“分裂”)
R脚本 | 分裂 | |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | AlternativeSplicing,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,软件,可视化 |
版本 | 1.14.0 |
在Bioconductor | BioC 3.4 (R-3.3)(4年) |
许可证 | GPL-2 |
取决于 | R (>= 3.6.0), grDevices, stats |
进口 | 图形,ggplot2,seqLogo,Biostrings,biomaRt,GenomicAlignments,GenomicRanges,GenomicFeatures,Gviz,IRanges,S4Vectors,GenomeInfoDb跑龙套,plyr,stringr、方法、BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,googleVis |
链接 | |
建议 | BiocStyle,knitr,rmarkdown |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/dianalow/SPLINTER/ |
BugReports | https://github.com/dianalow/SPLINTER/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | SPLINTER_1.14.0.tar.gz |
Windows二进制 | SPLINTER_1.14.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | SPLINTER_1.14.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SPLINTER |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SPLINTER |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/SPLINTER/ |
软件包下载报告 | 下载数据 |